随着分子生物技术的发展,分子标记辅助选择不仅提高了育种的选择效率和准确度,而且为我们提供了通过直接筛选遗传信息创造新型雄性不育系的可能。本研究设计了一套系统的分子育种方法用于水稻细胞质雄性不育系的选育。此方法采用特异的分子标记分别对质源材料和核源材料的遗传背景进行直接筛选,因而可以高效并精确地选育出不同遗传背景的不育系。配合力分析结果表明,用此方法选育不育系是切实可行的。本研究获得的主要结果如下：1、野生稻和非洲栽培稻的细胞质类型丰富多样,并且其细胞质多样性可以很好的被线粒体特异序列标记识别。聚类分析结果表明,几乎所有相同来源的材料均聚类于同一亚组中。这说明,这些线粒体特异序列标记可以从线粒体基因组水平有效区分不同材料细胞质的遗传背景。2、SCAR标记可以从核基因组水平有效区分不同材料的遗传背景。应用这些标记可以直接获得不同遗传背景的保持系候选材料。3、利用筛选获得的不同遗传背景的新质源和核源材料,选育出一个新型水稻细胞质雄性不育系珞菲A。珞菲A株高约60cm,株型较紧凑,籽粒大小适中,分蘖能力强,成穗率高,穗层整齐,生长旺盛,开花习性好,异交结实率高；武汉夏播,播始历期68天左右,有效穗10-12穗,每穗穗粒数160粒左右。4、珞菲A配合力好。珞菲A在每穗穗粒数、株高、千粒重和单株产量上的一般配合力高,并且在这4个经济性状上表现较大的特殊配合力方差,说明所配组合在性状上具有较大的选择空间,可以依据不同的育种目标配制不同的组合。