随着社会的发展进步，信息化已经在众多行业和领域中得到广泛应用，为这些行业的管理运营工作提供了巨大的帮助。医院单位在实现信息化的过程中，不仅获得了巨大效益，而且也极大的影响了自身内部控制的发展。笔者通过对以往文献的大量阅读，发现信息化下医院内部控制方面研究不够深入，没有体现出医院这个行业自己的特征，提出的措施针对性也不高，尤其是对作为我国卫生系统组成重要基石的县级医院，这方面的研究更是凤毛麟角，基于此，笔者对县级医院信息化之下的内部控制进行针对性探究。医院这个特殊的服务业虽然在总体与一般企业的信息化有相似处但又具有自己的特色，本文首先概述了信息化及内部控制等相关理论基础，然后通过对医院信息化对内部控制造成影响的分析，找出现阶段信息化下县级医院内部控制出现的问题，进而针对性提出提高县级医院信息化下内部控制之政策，最后以某A医院为案例进行分析，找出其内部控制信息化存在的问题，并提出了相应对策。