蝙蝠基因组数据库的构建

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蝙蝠(Bats)是一种翼手目动物(Chiroptera),广泛分布于世界各地,是仅次于啮齿目动物的第二大类群。此外,蝙蝠也是唯一一类具有自然飞行能力(thecapacity of sustained flight)的夜行性哺乳动物。在蝙蝠的食性中,以昆虫为主食的蝙蝠占大多数,而且此类蝙蝠多数都具有回声定位的能力(Echolocation),从而进行觅食和定位。以素食为主食的少部分蝙蝠,没有回声定位的能力,依靠视觉和嗅觉来进行觅食和定位。为适应气候环境的变化,某些蝙蝠物种还通过冬眠(Hibernation)的习性来保证自身的稳态。蝙蝠如此神秘特殊,这样就使得研究蝙蝠的特性变得尤为重要。然而直到现在,还没有一个独立的数据库用于存放蝙蝠的基因组数据信息。为了弥补这一缺陷和进一步的去阐述相关蝙蝠特异性的遗传改变,我们构建了第一个蝙蝠基因组数据库,也叫做BGD (Bat Genomes Database)。BGD数据库提供了综合有效的搜索功能和其他的一些强有力的生物信息学工具,包括以下几个方面:第一,通过基因名称(Gene Symbol)、蝙蝠基因组数据库标识符(BGD ID)、 NCBI数据库基因标识符(NCBI gene id)或者是Ensembl数据库基因标识符(Ensembl gene id)来提供简单、便捷、有效的搜索。第二,使用GBrowse (Generic Genome Browser)软件去浏览用户感兴趣的基因组成并且以可视化的形式呈现出来。第三,使用GBrowse_syn (Generic Synteny Brower)软件去比较不同物种之间的共线性分析并且以可视化的形式呈现出来。第四,通过系统发育树(phylogeny tree analysis)的分析来解释或探索不同物种之间的进化历程。第五,通过局部比对软件BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)去寻找蝙蝠物种中存在的同源基因信息。在这个BGD数据库中,用户能够很方便的找出自己感兴趣的基因信息,因为这些基因的相关信息已经存放在这个数据库中了。为了支持不同物种间系统发育树的进化关系分析,用户可以上传自己的物种序列文件或者是粘贴一些用户感兴趣的物种基因编码序列,从而找出进化的系统发育关系。除了以上的几个特征外,用户还能下载(Download)一些感兴趣的序列信息用于后续的分析。
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