“夫地利者，生民之命脉也”。可见，农民的生存权和发展权与农村土地制度紧密相连。随着农业产业化和专业化的日益深入，曾经极大解放农村生产力的土地承包经营权，现在却阻碍了农村的发展。因此，实务界和理论界都将如何完善土地承包经营权的流转作为最重要的课题之一。而本文着眼于土地承包经营权入股这一流转方式，并将入股限定在农民专业合作社，探讨其存在的问题并提出了自己的法制思考。本文除了前言和结语，共分为四个部分，字数约两万四千字，主要内容如下：第一部分，概述。本部分首先介绍了农民专业合作社这一组织形式的基本情况，包括其概念、性质和特点；其次阐述了土地承包经营权入股的性质，这是学术界争议较大的问题也是本文研究的基础，主要有三种观点：物权性流转说、债权性流转说、股权性流转说，笔者赞同物权性流转说；最后分析了土地承包经营权入股的三种载体，即股份合作制企业、有限责任公司、农民专业合作社，分析了不是股份合作制企业和有限责任公司的原因，农民专业合作社才是土地承包经营权入股最适宜的载体。第二部分，理论依据。本部分介绍了经济正义理论、用益物权理论、分化整合理论，阐述了这些理论的内涵以及与土地承包经营权入股专业合作社的联系。第三部分，入股存在的问题。本部分阐述了如下四个问题：第一，不同法规之间存在冲突；第二，土地承包经营权如何评估作价；第三，法律入社的土地承包经营权流转的限制；第四，农民专业合作社内部治理结构不完善。第四部分，法制思考。本部分针对上一部分提出的问题，结合实践情况，提出了完善建议。首先，修改《中华人民共和国农村土地承包法》的相关内容；其次，建立土地承包经营权登记制度；第三，确定土地承包经营权评估作价机制；第四，修改对入社的家庭承包的土地承包经营权转让的限制，允许农民专业合作社以入股的土地承包经营权设立抵押；第五，就完善农民专业合作社的内部治理结构提出了几点看法：充分发挥社员大会的作用，强制设立理事会（或理事）和监事会（或监事），加强经理制度的建设。