在知识经济全球化的背景下，科技创新能力已经成为国家经济发展的源泉和动力，并逐渐成为决定国家前途和命运的主导因素之一。只有提高自主创新能力，才有机会在国际科技竞争中占据战略制高点。国家科技创新体系是支撑其创新能力建设的重要力量，而科研机构又是重要的科技创新体系主体。农业科技创新则必然成为农业经济快速发展的主导力量。农业科研机构自主创新能力的强弱，直接关乎国家农业科技进步水平和现代农业发展的方式，而农业科技创新能力是一个由多种能力子系统组和而成的复杂系统。本文立足系统科学和管理科学理论，分析了农业科技创新过程，确定了创新要素，构建了适合农业科研机构的评价指标体系和评价模型。运用系统分析的思路，充分灵活采用层析分析法、专家估测法、德尔菲法等，创建了适合我国农业科研机构的“综合指数评价法”。采用现代信息技术，研发了基于多源数据的农业科技创新评价分析平台，为决策者提供一个科学、便捷的软件工具。最后利用该平台将评价指标体系应用于国家级农业科研机构的评价，并根据评价结果将科研机构划分为科技创新型、科学创新型、技术创新型、基础实力型等四种类型，最后针对每种类型提出了相应的管理措施。本论文在以下几个方面进行了创新性探索研究：综合分析了农业科技创新的概念和内涵。这是本文的理论基础和逻辑起点，将对有关科技创新、农业科技创新、农业科技创新要素以及农业科技创新活动进行分析，从而为本文提供一个分析研究的基础。①研究构建了农业科技创新能力评价指标体系。基于指标体系的设计原则和内涵诠释，构建了三级指标，兼顾了指标间定性和定量、过程与结果、静态与动态的关系，能够灵活反映各农业科研机构的科技创新能力、成果产出绩效、人才队伍建设以及成果转化效果。②研发了基于多源数据的农业科技创新能力综合评价平台。结合目前农业科研机构知识资产组织、保存和管理的现状，根据科研工作流程特点，联系客观实际提出了自顶而下和自底而上相结合的建设模式，研究开发了农业科技创新能力综合评价平台，主要包括：数据采集、指标体系管理、权限管理、科研资源管理和综合评价分析等功能。③研究创建了用于评价农业科研机构的“综合评价法”。基于建立的指标体系，依次实施数据采集—标准化处理—权重确定—建立模型—指数计算—比较分析等步骤，通过综合评价和分类排序能够突出评价对象之间的可比性，为决策部门提供可靠的数据支持和技术手段，进而提升科研管理的效率和质量。