随着我国学院制的不断发展,高校管理重心不断下移,完善高校二级学院治理结构,解决二级学院发展中的权力分配与制衡问题,成为学术界的研究热点。治理结构可视为达成治理状态的手段,用以协调组织决策层、执行层、监督层及利益相关者的关系,确保组织的健康发展与高效运转。二级学院治理要素主要包括治理主体、治理客体、治理手段和机制。从本质上讲,二级学院治理结构是一种学院内部的制度安排,是一种契约关系,是一种有效的运行机制。本文在阅读大量参考文献的基础上对二级学院治理结构相关概念进行了界定,分析了二级学院治理的相关理论,认为二级学院治理的理论包括法人治理理论、利益相关者理论、委托代理理论以及激励理论。在此基础上,本文分析了我国高校二级学院治理结构的现状,认为我国高校二级学院治理结构的特点在于二级学院受高校宏观管理,实行党政分工合作、共同治理的运行机制,外部治理主体具有多元化,学术权力占主导地位;认为二级学院治理结构存在二级学院治理缺乏自主权、党委书记与院长存在权责交叉现象、以教授为载体的学术权力没有得到充分实现、学生群体参与治理力度不够、社会参与治理渠道闭塞等问题。基于对英、美、德三国高校二级学院治理结构的分析,得出的启示是教授治院,充分重视学术自由;重视不同利益主体的参与,走共同治理之路;依托大学章程,明晰二级学院权责;权力重心在基层,保证内部组织权利的有效发挥。在借鉴英、美、德三国高校二级学院治理结构的经验基础上,总结出要完善我国二级学院治理结构,应当明确高校二级学院治理的主要架构,健全二级学院内部组织,营造二级学院宽松的学术氛围,拓宽广泛参与的共同治理途径,构建科学规范的保障机制。