经过近30年的发展，台商对大陆的投资取得长足发展。特别是2008年来，随着国共两党、海峡两岸“两会”高层的不断互动，双边经济合作有了新的发展，已从“民间、单向、间接”阶段，向“直接、双向、机制化、制度化”阶段转变。新形势下，分析与把握台商对大陆投资的产业结构演化情况及其原因等，对于促进两岸产业分工与经济合作，实现两地资源优化配置无疑具有重要的理论和现实意义。本文首先主要对外商直接投资产业结构演化相关研究和台商大陆投资的研究等相关文献进行了综述，接着重点分析、把握不同时期台商大陆投资主要产业比较和主要产业在不同区域间变化情况比较，梳理出台商大陆投资产业结构演化趋势，继而建立了台商对大陆直接投资产业结构演化问题的理论分析框架，然后对影响台商大陆投资产业结构演化的因素进行实证分析，据此提出促使台商大陆投资更好发展和产业升级等方面的配套对策建议。主要结论：台商大陆投资的产业选择遵循产业内垂直贸易量基准、结构高度化同质性基准和产业组合区位比较优势基准。台商对大陆投资产业结构演化的原因主要有：岛内产业结构与大陆投资政策变化、大陆资源禀赋与产业发展方式变化、大陆外商投资政策与两岸关系变化。从资源禀赋、市场需求、技术水平和制度安排四个方面提出了台商大陆投资产业结构演化的影响因素。台商大陆投资产业演变的趋势从数量与结构、质量与趋势和区域性变化三个角度可以概括为以下四点：制造业占比持续减少服务业占比持续增加、制造业内部结构趋于高级化、服务业内部结构趋于高端化、同一产业不同区域间差异明显。实证部分使用1995年至2012年的数据对台商大陆直接投资产业结构演化的影响因素进行了因子分析和主成分分析相结合的方法。结果表明大陆的技术水平、大陆产业政策环境、台湾地区执政党的交替、人力资本、资本水平、基础设施建设、台湾地区产业结构变化等因素对台商大陆投资的产业结构演化有影响。最后从台湾和大陆两个层面提出了促进两岸产业分工与经济合作，实现两地资源优化配置的对策建议。