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目前我国正大力推广再生水的应用，保障再生水的水质安全是关键问题。病原菌在消毒压力下会进入活性但不可培养（VBNC）状态，无法用培养法检测出，但仍保留原有的毒力因子和致病性，可在消毒压力解除后复活繁殖而导致再生水回用的微生物健康风险。本研究针对VBNC病原菌复活风险，建立了逆转录活性和细胞膜完整性的检测方法体系，深入分析再生水系统中VBNC病原菌的存在去除特性和复活特性，探究VBNC病原菌复活的关键影响因子；应用焦磷酸测序技术，研究病原菌的群落结构变化；评估再生水市政杂用的微生物健康风险。在此基础上提出控制VBNC病原菌复活的方法。本研究结果表明，进水中可培养大肠杆菌、粪肠球菌、沙门氏菌、分枝杆菌的浓度水平为3~5LogCFU/100mL。经过深度处理工艺，出水中处于VBNC状态的大肠杆菌、粪肠球菌、沙门氏菌浓度水平为1.5~3.8Log CE/100mL，占各自总活性菌含量的40~100%；分枝杆菌对消毒剂的抗性较强，出水中VBNC状态分枝杆菌浓度为1Log CE/100mL，占总活性菌的20%。膜处理工艺对可培养菌与活性菌的去除量相近约为1Log。消毒工艺对培养菌的去除量可达2~3Log，对活性菌的去除量<1Log，对分枝杆菌作用不显著。再生水贮存输送过程中，处于VBNC状态的病原菌大量复活，四种细菌的复活率达0.3~2.9Log。余氯与微生物浓度水平存在相关性。有机物和营养元素会促进微生物在管网中的复活，但其变化与微生物的复活不存在显著相关性。采用454焦磷酸测序分析再生水生产、贮存和输送过程中群落结构的变化，结果表明经过消毒工艺、贮存和输送，微生物群落结构发生显著变化。管网末端，Proteobacteria是主要的门类，包含大量病原菌Burkholderiales。采用典范对应分析（CCA），考察理化因子对生物群落的影响，发现TN、TP、NO3-N和TOC是最重要的影响因素。对再生水用作市政杂用的微生物健康风险进行评价，得出年健康风险值与病原菌浓度水平的相关曲线。再生水出厂中，VBNC病原菌含有的潜在风险值比可培养病原菌高2个数量级。经贮存输送后，该风险值成为显性风险值，影响再生水回用的微生物健康风险。