【摘 要】
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背景:肺癌是全球发病率和死亡率最高的癌症之一,其中又以肺腺癌病人占比居多。靶向治疗和免疫治疗在肺腺癌病人中的应用使病人生存率得到很大提升,但随之而来的药物耐受性、癌基因突变又对临床带来新的挑战。寻找影响肿瘤基因突变的机制成为重中之重。染色体外环状DNA(Extrachromosomal circular DNA,eccDNA)基于其特有的功能和结构,成为近年来的研究热点。其游离于染色体基因组之外而
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背景:肺癌是全球发病率和死亡率最高的癌症之一,其中又以肺腺癌病人占比居多。靶向治疗和免疫治疗在肺腺癌病人中的应用使病人生存率得到很大提升,但随之而来的药物耐受性、癌基因突变又对临床带来新的挑战。寻找影响肿瘤基因突变的机制成为重中之重。染色体外环状DNA(Extrachromosomal circular DNA,eccDNA)基于其特有的功能和结构,成为近年来的研究热点。其游离于染色体基因组之外而不被受到调控;环状结构令其更加稳定,不易被降解;自身片段中又能携带一定数量的基因,eccDNA这些特点在肿瘤的形成和发展中起到重要的作用。因此,本研究基于高通量测序技术并结合生物信息学,从分子学水平对血浆中游离的eccDNA结构做初步分析,探索其在肺腺癌当中的影响。方法:经伦理审查委员会审核并批准后,采集来自广州医科大学附属第一医院共计12例肺腺癌病人和6例健康人群血液,提取血浆中游离DNA;此外,提取肺腺癌细胞系H3122和H1975染色体基因组DNA。对所提取的DNA,利用核酸外切酶Ⅴ降解线性DNA的外切酶活性,酶切去除线性DNA,并通过q PCR方法验证去除效果。接着用Phi29 DNA聚合酶和随机引物对其环形扩增。基于华大公司MGISeq-2000RS测序方法,对提取的eccDNA进行文库构建,并通过滚环扩增和双末端测序原理上机、测序。采用Circle-Map算法,寻找比对上参考基因组的Reads中的环状片段,并重新组装环状DNA片段。最后,利用UCSC、Repeat Masker等生物数据库,比对分析eccDNA片段序列的分子学特征,并使用R Studio软件对结果做统计分析、作图。结果:(1)肺腺癌病人和健康人群的血浆中均检测出微量的短片段eccDNA。(2)肺腺癌病人eccDNA片段长度整体要比健康人群短(中位值分别为340bp和361bp),但分析片段长度3000bp以上eccDNA在血浆总eccDNA的占比发现,肺腺癌病人长片段eccDNA的占比显著高于健康人群。(3)分析大于3000bp eccDNA的基因组结构元件,肺腺癌病人长片段eccDNA中5’-UTR和3’-UTR区域比例显著高于健康人群。进行基因组功能元件分析时,发现与健康人群相比,在肺腺癌病人长片段eccDNA中可被H3K4Me1、H3K4Me3、H3K27Ac组蛋白修饰的功能调控元件显著富集。(4)肺腺癌病人eccDNA片段中重复元件数量比健康人群高,且在LINE、LTR两类重复元件占比高于健康人群。结论:本研究分析发现肺腺癌血浆中的eccDNA在长度、基因组元件、调控元件、重复元件均与健康人群存在差异。这些特征的差异将有助于对肺腺癌的分子机制和潜在临床价值的进一步理解和研究。
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