“生物谱系命名法规”的提出主要基于以下几个原因:1）分支分类学派的研究结果与传统的林奈等级系统无法兼容。根据分支分类学派的主张，当两个支系相对其他支系彼此具有更多的共同衍征时，这两个支系被认为有更近的共同起源，互为一对姐妹群，在谱系图上表现为一个节点产生的两个分支。由于一对姐妹群在起源上是同时产生的，无论分裂后的进化发展如何，从进化的历史上来说都应该是同一等级。这样每次支系分裂即产生一个新的等级，其数量之多，无法纳入以“界、门、纲、目、科、属、种”为主要等级阶元的林奈系统。2）国际命名法规所采用林奈提出的“属名+种名”的双名制命名方法，是极不稳定的。这表现在，如果新的分类研究结果改变了一个物种原来所在的“属”，那么其名称也要随之改变。但从逻辑上讲，被命名的实体未发生变化，名称也不应该改变，因此，传统的命名方法具有缺陷。3）生物学哲学家提出“物种作为个体”的命题，并进一步论证“个体”名称应该采用实指定义。而传统的分类和命名，将物种视为具有本质的“类”，使用特征列表形式的内涵定义。由于所列出的特征可能在进化中丢失或变异，因此与进化的分类学难以保持一致，并且特征集合并不能代表一个分类单元的本质，应该抛弃。　　奎洛兹和坎狄诺等人于2000年撰写了“生物谱系命名法规”的第一版草案。按照法规条款，每个分类单元的名称需要给出相关的系统发育定义，可采用“基于节点”、“基于基干”和“基于衍征”的三种方式。这样的定义被认为是基于“物种作为个体”的个体主义思想建立的，反对类型思想要求成员具有充分必要的特征以及内涵的定义形式，主张物种是一个有结构的整体，其名称应该通过实指定义直接指明对应的个体。但是，在实际命名中谱系法规违背个体主义的这些主张，造成了逻辑的不一致性。为解决这一问题，区分分类单元的命名和分类阶元的定义是关键。一个词在做分类单元的名称时是直接指称的，但表示分类的阶元范畴时，是可以定义的类。定义的外延和直接指称的实体并不需要完全一致，因为定义是约定的、理想的，其外延不是先验可知的。谱系法规与传统命名法同样混淆了词语的这两种用法，因此并没有解决命名中的根本问题。