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目的研究难治性癫痫与非难治性癫痫及对照之间的lncRNA差异表达谱,探索lncRNA在难治性癫痫发病机制中的作用,挑选差异表达明显且有疾病鉴别意义的lncRNA作为难治性癫痫的潜在标志物。方法根据诊断标准和相关分类标准选出难治性癫痫患者、非难治性癫痫患者各5例,并选取3例健康志愿者做对照。清晨空腹采静脉血,提取全血RNA,样本检测合格后进行RNA-seq。得到数据后初步分析,剔除不合格的数据。对lncRNA和mRNA进行注释,分析差异表达情况。对筛选出的差异表达的lncRNA及mRNA进行lncRNA-mRNA的Cis或Trans调节配对的分析。对差异表达基因进行GO和KEGG功能注释,进一步分析lncRNA在癫痫致病中的机制及作用。选取差异表达明显且功能与癫痫发病密切相关的lncRNA作为待验证的潜在标志物。结果1.初步分析差异表达的mRNA,难治性癫痫组与对照组相比,差异表达的mRNA上调754个,下调605个（p<0.01）;非难治性癫痫组与对照组相比,差异表达的mRNA上调577个,下调647个（p<0.01）;难治性癫痫组与非难治性癫痫组相比,差异表达的mRNA上调348个,下调306个（p<0.01）。2.初步分析差异表达的lncRNA,难治性癫痫组与对照组相比,差异表达的lncRNA上调229个,下调318个（p<0.01）;非难治性癫痫组与对照组相比,差异表达的lncRNA上调266个,下调440个（p<0.01）;难治性癫痫组与非难治性癫痫组相比,差异表达的lncRNA上调145个,下调172个（p<0.01）。3.难治性癫痫组与对照组相比,有差异的lncRNA-mRNA的Cis配对关系有80对,Trans配对关系有48535对（p<0.01）;非难治性癫痫组与对照组相比,有差异的lncRNA-mRNA的Cis配对关系有169对,Trans配对关系有67076对（p<0.01）;难治性癫痫组与非难治性癫痫组相比,有差异的lncRNA-mRNA的Cis配对关系有22对,Trans配对关系有2719对（p<0.01）。4.难治性癫痫组与对照组相比,lncRNA-mRNA的Cis配对关系下差异富集的GO-BP有101条,差异富集的GO-MF有25条,差异富集的GO-CC有20条;Trans配对关系下差异富集的GO-BP有257条,差异富集的GO-MF有123条,差异富集的GO-CC有81条。非难治性癫痫组与对照组相比,lncRNA-mRNA的Cis配对关系下差异富集的GO-BP有201条,差异富集的GO-MF有57条,差异富集的GO-CC有24条;Trans配对关系下差异富集的GO-BP有348条,差异富集的GO-MF有134条,差异富集的GO-CC有49条。难治性癫痫组与非难治性癫痫组相比,lncRNA-mRNA的Cis配对关系下差异富集的GO-BP有11条,差异富集的GO-MF有10条,差异富集的GO-CC有7条;Trans配对关系下差异富集的GO-BP有206条,差异富集的GO-MF有99条,差异富集的GO-CC有39条。5.难治性癫痫组与对照组相比,lncRNA-mRNA的Cis配对关系下差异富集的KEGG通路有2条,Trans配对关系下差异富集的KEGG通路有4条。非难治性癫痫组与对照组相比,lncRNA-mRNA的Cis配对关系下差异富集的KEGG通路有7条,Trans配对关系下差异富集的KEGG通路有4条。难治性癫痫组与非难治性癫痫组相比,lncRNA的Trans配对关系下差异富集的KEGG通路有5条。结论1.难治性癫痫组、非难治性癫痫组及对照组之间存在lncRNA及mRNA的差异表达,lncRNA可以通过Cis或Trans作用方式调节mRNA参与癫痫的致病过程。2.难治性癫痫组与其他组相比,存在较明显的代谢障碍及免疫炎症反应。3.NONHSAG044326.2;NONHSAG027413.2;NONHSAG032620.2等lncRNA在难治性癫痫组与对照组间差异表达较明显,可以进一步验证作为备选的标志物。