中国的城市轨道交通进入了快速发展期,从国际国内轨道交通发展历史看,轨道交通的投资建设基本上都是政府主导性工程,因此政府投资补贴成为城市轨道交通建设和运营的主要资金来源。从各城市轨道交通的建设经营现状看,大多数轨道交通处于政府补贴状态。但是,城市间的经济社会发展水平和政府财政能力是各不相同的,这其中存在着一个客观的、符合实际的补贴机制问题。本文沿着为什么需要政府补贴,补贴额度多少,如何进行补贴的技术路径,重点研究了北京城市轨道交通补贴机制。城市轨道交通属于准公共产品,根据经济学中的外部性理论,城市轨道交通具有巨大的正外部效应。本文细致分析了城市轨道交通的各项外部效应,包括节省车辆购置费、减轻环境污染、促进沿线土地升值等等,并予以定量计算,建立了相应的指标体系和计量模型,为确定财政补贴额度提供依据。同时以北京城市轨道交通2008年相关数据为例,核算当年基于轨道交通外部效应的补贴额度,并与当年实际补贴额度相比较,给出了补贴额度临界点。在如何给予补贴的研究中,本文将补贴模式分为基础设施投资补贴和运营补贴两阶段,分别进行比较阐述,为北京城市轨道交通提供了比较切合实际的、可操作性强的补贴模式范例。