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水稻有利基因的发掘、遗传分析和分子定位是水稻遗传育种的主要研究内容。本研究以黔农、特矮等地方品种为材料,通过遗传和QTL定位研究,从中发现了有希望应用于育种的两个新矮秆基因,并对矮生基因与恶苗病的关系进行了探讨,通过DH群体定位了恶苗病抗性相关的QTL和株高整齐度、抽穗整齐度等株高相关性状的QTL。1、对黔农和特矮两个矮秆地方品种的矮生性遗传进行了研究。结果表明,黔农和特矮的矮生性均由2对隐性矮生基因控制,其中1对与sd-1等位,另1对与sd-1不等位;并成功地筛选出2个带有新矮生基因的材料“新黔矮”和“新特矮”,分别携带新的半矮生基因sd-q(t)和sd-e(t)。2、对新黔矮的矮生基因sd-q(t)与其他部分矮生基因的等位性进行了测定。研究表明,新矮生基因sd-q(t)与d-29、d-32、d-59、sd-g、sd-6和d-1等矮生基因均不等位。3、对携带sd-q(t)等不同矮生基因的材料进行外源植物生长调节剂处理的研究表明,不同矮生基因对外源GA3的反应敏感性从敏感至不敏感依次为d-c(t),D-53,sd-1(籼),eui隐性高秆,特矮(sd-1,sd-e(t)),d-29,多基因矮秆(multi-dwarf),d-1,野生型高秆(tall plant),sd-6,d-32,sd-g,sd-q(t),黔农(sd-1,sd-q);对外源PP333反应最为敏感的是携带sd-q(t)、sd-g和eui基因的材料,最不敏感的是多基因矮秆83N1041和携带d-59的DM107-4。在非sd-1矮生基因的育种利用上,可以在苗期利用50mg/L的GA3或30mg/L的多效唑PP333对部分矮生基因进行有效的筛选,提高携带非sd-1矮生基因新品种的育种效率。4、利用高秆突变体ZX5T为轮回亲本,通过近等基因系的培育,开展了不同矮生基因的利用价值研究,结果表明d-1与小粒为一因多效;sd-e(t)与多蘖为一因多效;d-32、sd-6、sd-q(t)和sd-g这些半矮生基因的改良后代在育性、粒重、每穗总粒数和株高方面具有仅次于sd-1的优势,有可能作为sd-1的备用矮生基因在水稻育种上应用。5、利用32个携带不同矮生基因型的材料,通过芽期人工接种恶苗病菌和50mg/L GA3处理,比较了矮生基因型对恶苗病和GA3的反应。通过测量幼苗的伸长长度和恶苗病接种苗移栽后的死苗率发现:对外源GA的敏感性与对恶苗病的敏感性之间呈极显著相关;携带sd-1的材料对外源GA3和恶苗病均表现敏感;而携带d-1基因型的材料表现对GA不敏感,但感恶苗病;而所有d-29,sd-6和sd-q(t)基因型材料表现出一定的抗性,可以作为水稻育种的抗源应用。6、对携带sd-1半矮生基因的粳稻品种春江06和籼稻品种TN1以及由它们构建的加倍单倍体(DH)群体,采用芽期接菌方法接种恶苗病菌,进行抗恶苗病微效QTL的定位分析。研究表明,携带sd-1半矮生基因的双亲均感恶苗病,仅表现感病和高感的差异,共检测到2个QTL:qB1和qB10,分别位于第1和第10染色体上,2个QTL的抗性基因都来自春江06,贡献率相近。7、利用春江06/TN1的DH群体定位了水稻株高整齐度、抽穗同步性、始穗期、齐穗期和有效穗数的QTL。共定位分布于水稻7条染色体上的12个QTL。1个抽穗同步性QTL:qHs8,位于第8染色体上,解释27.7%的变量,来自春江06的等位基因减少3.3d的抽穗历期,提高了抽穗同步性。3个株高QTL:qPhu4,qPhu10和qPhu12分别位于第4、10和12染色体上,解释变异的41.9%;2个始穗期的QTL位于第8和9染色体,各2个抽穗期和齐穗期的QTL则定位于始穗期相同的区域;2个有效穗数QTL位于第4和5染色体,解释变异的34.2%。