2015年最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》（后文简称《民诉法解释》）第十三部分对民事公益诉讼调解予以认可后,加之近些年公益损害案件频发,民事公益诉讼调解制度因为其具有灵活高效、诉讼成本低等优势,在实践中发挥了重要作用。在传统的民事私益诉讼中,原告、被告有完全的实体和程序的处分权,并且处分权的行使遵从当事人的意思自治,对诉讼各方均具有约束力。在民事公益诉讼中,原告资格是国家法律直接赋予的,其诉权来源具有特殊性。民事公益诉讼调解有其特殊性,首先,调解当事人在程序和实体上的自主性受限,当事人的调解方案受到公益损害评估、鉴定意见的限制,不能随意的达成合意,并且,禁止原告以达成调解协议为由申请撤诉,且当事人即便对案件事实自认,依然要依法查明,辩论主义受限。其次,调解涉及公共利益,公益起诉人只是公益的代表,非实际受损害主体,不能认为其有最大动机追求公益的保护,调解公正性必须受到监督,以避免调解协议仅仅是为了息事宁人而做出,因此,公益诉讼的调解协议必经公告程序。再次,民事公益诉讼调解原告只有有限处分权,调解协议需经严格监督与审查。最后,调解中法官职权主义强化,司法控制更强。民事公益诉讼调解在公益案件频发的社会背景下日渐丰富和完善,以其快速灵活的解决纠纷、降低诉讼成本、实现私益与公益的共赢,并且顺应多元化解决纠纷的时代要求等优势赢得广泛的应用。但目前关于民事公益诉讼调解制度的法律规定过于分散,导致该制度在理论和实践层面均存在一些问题,比如调解启动时间不明确、调解启动条件不明确、调解期限不明确、调解范围不明确、公众参与程序设计不足、公告内容不统一、公告平台不明确、公告异议处理不明等,上述问题的存在使得民事公益诉讼调解制度的运行情况大打折扣,影响了公益保护效果。针对以上问题,笔者针对现有规定进行了考察分析,在本文中给出了相应完善建议,通过对民事公益诉讼调解制度的构建和完善,该制度将和其他公益诉讼纠纷解决机制相互协调、相互补充,更好的为保护民事公益权益服务。