我国经济社会持续发展,科技的发展起着越来越重要的推动作用,财政科技专项资金是推动科技发展的主要力量,是政府和广大人民十分关注的问题。专项资金的绩效评价方法能够有效保证财政科技专项资金的使用效率最大化,但是,我国仍存在着科技专项资金管理效率较低、资金绩效评价体系不完善等问题,因此,推行财政科技专项资金绩效评价活动、创建合理高效的考核评估系统迫在眉睫。文章以永州市财政科技专项资金的绩效评价作为研究数据与对象,首先进行相关理论上的铺垫,判明、梳理了全国研究者对于财政科技专项资金绩效评价的有关研究论文,并对其相关概念进行了阐述,分析出财政科技专项资金绩效评价的本质、原则与目标。其次,以《湖南省“十三五”科技创新规划》为指导思想,分析总结了湖南省永州市财政科技资金投入的程序与相关原则,同时借鉴参考永州市统计年鉴,对永州市财政科技专项资金的投量、投向和特点进行了定量分析。再次,分别从财政科技专项资金绩效评价组织管理流程与绩效评价指标体系两个方面来考察永州市财政科技专项资金的使用情况,并发现其中的问题,分析问题存在的原因。紧接着,根据永州市的实际情况,采用了层次分析法、专家评分法和问卷调查法等多种方法分别对组织管理流程和绩效评价指标体系提出优化建议。最后,对优化前后的组织管理流程与绩效评价指标进行对比,采用优化后的评价指标对随机选取的部分项目进行评价,对比分析优化前后的评价结果并得出结论。论文研究期望能够为提高永州市财政科技专项资金绩效评价质量,推动永州市科技发展与社会进步提供理论支持,为进一步提高财政科技专项资金的使用合理程度提出可供参考的建议。