蛋白质是生命体最重要的功能执行者,几乎全部蛋白质行使功能的过程是通过蛋白质相互作用来实现的,所以研究蛋白质相互作用一直是生物学研究的重点。水稻(Oryza sativa)作为约半数世界人口的主要粮食,一直备受研究关注。但由于亚种众多,实验数据缺乏,对于水稻蛋白质相互作用的认识仍然十分有限。目前大型蛋白质互作数据库中收录的水稻蛋白互作对大都是通过同源蛋白互作对预测得来,可靠性有待于进一步提高。另一方面,蛋白互作对在组织间的特异性也是一个生物学上很有意义的课题,因此我们将通过整合高通量基因表达谱与其它多源证据构建水稻组织特异性蛋白质互作网络。首先,我们收集整理测试集并构建了朴素贝叶斯分类器预测水稻蛋白质互作对。该分类器由同源蛋白互作、基因注释共享、基因融合、基因共生和结构域互作共五个数据源组成。经过交叉验证评估,预测模型具有较好的稳定性与准确性。通过阈值优化,最终预测得到4380939对水稻蛋白质互作对。然后,在背景网络的基础上,通过整合水稻12个组织的时间序列基因表达芯片数据,我们构建了水稻组织特异性蛋白质互作网络,并针对网络的组织特异性进行了分析。最后,我们构建了Web-based的数据库RT-Net(http://lilab.life.sjtu.edu.cn:8080/rtnet),提供水稻蛋白质互作网络及组织特异信息的搜索、展示和下载。本课题的研究进展将为水稻多组学分析、重要功能基因鉴定等研究提供基于网络等视角平台,具有重要参考价值。