最低生活保障制度是我国社会救助制度的核心,最低生活保障制度的救助资金是其物质基础,我国的最低生活保障制度自1997年建立以来,发展非常迅速,资金规模不断增大,有力地保障了城乡生活困难群众的基本生活水平,发挥了切实有效的救助效果。然而,在制度运行过程中,也存在救助效果未能充分发挥的客观情况,低保资金的效率评价也相对滞后,对最低生活保障资金效率的评价成为一个研究低保制度的全新的、日益重要的角度。本文在研究了内蒙古自治区城乡最低生活保障制度发展历程之后,一是进行了最低生活保障资金规模分析,以2004-2013年10年的数据为基础,对城乡低保资金数、救助人数、户数进行了描述分析,对所选指标进行了相关性分析；二是以2008-2013年5年的数据为基础,基于DEA方法,纵向分析了内蒙古自治区城乡低保资金总体效率；三是以DEA为基础,按照财政供养人员计算的经济水平对内蒙古自治区十二个盟市进行了聚类分析,将十二个盟市分为三个类别,对不同类地区的城乡低保资金效率进行了评价和比较。在以上分析的基础上,本文的实证结果为,本文所选指标对民政事业费影响程度由强到弱依次为：城市低保资金>城市低保人数>城市低保户数、农村低保资金>农村低保人数>农村低保户数；各指标增长率均呈现出先上升、后下降的变化趋势；全区6年纵向数据的综合技术效率角度分析,对于规模报酬递减的地区,盲目增加资源投入,未必是最好的选择；从全区三类地区横向数据的综合技术效率角度分析,二、三类地区效率优于一类地区,规模效率的影响大于技术效率；最低生活保障资金的运行效率并非一定与经济社会的增长正向增长。各地可通过健全资金保障机制、规范工作管理机制、建立人员退出机制、完善交流互审机制、建立绩效考评机制、加强制度间的有效衔接机制等方式来推动城乡低保制度的发展。