近些年食品安全事件屡禁不止,2008年三鹿奶粉事件开始引起人们对食品供应链的关注,2014年肯德基福喜肉事件更引起人们对食品供应链的重视。食品供应链的运营过程中充斥着大量的信息不对称,易引发食品安全风险,从经济学角度来看,食品安全问题本质是市场失灵,需要政府参与规制,而受限于食品供应链的复杂性和监管资源的有限性,现有全程监管的政府规制模式不仅成本高而且效率低。供应链和委托代理理论的发展恰好为政府食品安全规制提供了一个新的监管思路,政府可以委托核心企业作为代理人负责所在供应链的食品安全维护,通过控制核心企业达到控制整个食品供应链的目的。在食品供应链理论、信息不对称和政府规制理论以及博弈论和委托代理理论的基础之上,构建核心企业对供应商的激励控制模型和政府对核心企业最优规制水平模型,发现核心生产企业有能力通过激励机制设计控制供应链食品安全风险,而政府可以在控制规制成本的情况下达到规制核心生产企业的目的,通过这两个模型的有机结合可以实现政府在控制规制成本的前提下提高规制效率,维护食品安全。但为合理配置监管资源,现实情况通常要求作为规制重点的核心企业除了是食品供应链的领导核心外还须是风险易发企业。为增强可操作性,帮助政府准确定位作为代理人和规制重点的核心企业,对自2009年6月1日以来我国发生的食品安全事件进行筛选、统计与分析,发现食品深加工环节是食品安全风险易发环节,食品深加工企业应该被选作政府规制的重点和代理人。为更好地提高规制效率,还建立食品安全定位与定性分析矩阵帮助政府和核心生产企业全面了解供应链食品安全风险。最后在委托代理模型和实证分析的基础上为深化我国食品安全规制改革着重从食品供应链构建和规制方式优化两个方面提出一些可行性的建议。