生态系统健康是一门研究人类活动、社会经济组织、自然系统和人类健康的综合性学科，其作为一种环境管理方法和管理目标越来越被接受。区域农业生态系统是区域生态系统的一个子系统，是区域社会经济发展的重要组成部分，其健康状态和发展趋势，直接关系到整个区域的可持续发展。建立区域农业生态系统健康评价体系，可为农业生态系统健康提供及时的监测调控，在横向和纵向两个空间尺度全面了解一个区域农业生态系统的发展状态和趋势，从而为管理者提供科学的决策依据和行动指南。 本研究在国内外农业生态系统健康评价文献调研、统计资料收集、实地调查的基础上，结合层次分析法和专家咨询法，提出包括环境、资源、生态、社会经济和持续力等五方面内容的区域农业生态系统健康评价指标体系。该体系是基于广东省的情况而建立的，具有科学、全面、简明、可比性高、实用性强的特点，便于管理者对农业生态系统健康状态进行持续监察和辨别其优势与不足。 利用该指标体系对1996-2000年和2001-2005年两个时段茂名市农业生态系统健康进行评价，结果显示茂名市农业生态系统处于较健康的水平，即健康与亚健康之间，但有向亚健康转变的趋势。2000年分类健康指数得分排序为：生态>社会经济>环境>资源>持续力，而2005年为：生态>环境>社会经济>资源>持续力。其中，2005年的环境健康指数比2000年有所提高，主要得益于对大气污染的整治；生态健康指数分值持平，而资源、社会经济、持续力健康指数则有所下降，主要是由于农田水利设施不配套、耕地效益不高及农药化肥的不合理使用。社会经济健康指数从健康向亚健康转变，资源、持续力健康指数有从亚健康状态向不健康状态转变的趋势，尤其是持续力，2005年已低于亚健康水平。进一步对环境、资源、生态、社会经济和持续力等5个分类健康指数的变化趋势和原因进行分析，并针对茂名农业生态系统的健康情况，从环境改善、农田水利设施建设、农药化肥的合理使用、农业标准化建设以及农业信息服务等5个方面给出了提高其健康水平的建议。