我国对于专利权进行双重保护,即行政保护与司法保护相结合的“双轨制”保护制度。然而,专利“双轨制”保护制度实践中还有很多亟需解决的法律问题,如行政保护体制问题、程序问题,司法保护管辖问题、审理问题,以及最严重的行政保护与司法保护权力冲突、权力界定问题等。本文在专利法第四次修改的背景下,对行政保护和司法保护进行深入探讨,通过剖析多年来“双轨制”保护模式出现的问题,论证限制行政保护,完善司法保护的必要性。文章主要从以下三个方面进行论述:第一部分,主要论述专利“双轨制”保护制度的研究背景、研究方法、司法保护与行政保护的相关概念等,作用是为研究专利“双轨制”保护制度奠定基础。同时,对专利行政保护和专利司法保护的优势及劣势进行理论上的探讨,抽象概括两种模式的优缺点,从宏观方面进行剖析。第二部分,笔者立足于专利“双轨制”制度实施现状,通过系统分析行政保护与司法保护案例,探讨目前专利法第四次修改是否应取消行政保护的争论,以及后续影响,从微观方面对专利保护模式进行分析。第三部分为解决已有问题提出一些不成熟的建议,以及对专家的建议提出一些不成熟的看法,主要包括:建立知识产权上诉法院、整合知识产权行政管理部门、完善知识产权行政保护与司法保护衔接工作、专利法修改完善建议。2014年,我国首批知识产权法院在北京、上海、广州成功建立。2017年8月29日最高人民法院院长周强在《最高人民法院关于知识产权法院工作情况的报告》中肯定了北京、上海、广州知识产权法院在实践中取得的明显成效。三个知识产权法院专业水平高,提升了司法保护水平。随着科学技术的快速发展,知识产权尤其是专利权越来越专业化,对行政机关及司法机关工作人员的专业性要求越来越高。为避免相关工作人员因为涉及的专业问题而导致同案不同判等不公平现象,北京等知识产权专门法院起到重要作用,表明建立专门法院是可行的方式。国家知识产权局目前已设立全面创新改革试验区域,推进知识产权保护体制机制改革,主要有北京市、天津市、河北省、辽宁省、上海市、安徽省、湖北省、广东省、四川省、陕西省,提出积极探索知识产权综合管理改革。这体现了我国正在探索整合知识产权行政管理部门,力求知识产权行政管理部门分工更加明确,机构职责更加明确,行政执法更加高效,对我国专利权保护的意义重大。有利于解决行政部门冗杂,效率低下,执法人员水平参差不齐等问题。通过整合各部门,建立更完善具体的制度规范,也有利于解决行政保护与司法保护相冲突的问题。专利法第四次修改背景下,学界对专利行政保护制度也更加关注。由于实践中行政保护产生的各种问题,以及专利权本身作为私权的基本属性等原因,笔者倾向于削弱行政保护力度,加强司法保护。专利“双轨制”保护已有34年历史,实践证明了其对专利权保护的作用,也出现了很多棘手的问题,目前一些行政保护方式已经不适应社会发展的需求,这些行政保护逐渐退出历史舞台是必然的发展趋势。通过多年的司法教育,我国司法队伍的建设已经越来越专业化,水平也越来越高,在具有专业素养的法官中,同时能够具有知识产权背景的人才,作为知识产权法院的法官,从最根本的裁判者的水平上保证了判决的公正、合理。所以,笔者建议专利法第四次修改加强司法保护,在一定程度上弱化行政保护。