1．虾夷扇贝养殖群体的遗传多样性研究虾夷扇贝引入中国已有20年的历史。其养殖群体遗传多样性是否降低已经成为备受关注的问题。本研究利用6个微卫星位点，对3个中国养殖群体和2个日本野生群体进行遗传多样性分析。研究表明养殖群体遗传多样性显著低于野生群体。养殖群体和野生群体的位点等位基因平均数分别为5．7和7．9，平均期待杂合度分别为0．582和0．671。遗传多样性的降低是由于近20年的隔离及遗传漂变。F_st指数表明五个群体存在显著遗传差异。通过对群体间等位基因分布的成对比较，也可发现群体间存在遗传差异。根据遗传距离绘制的Neighor-joining聚类树将养殖群体和野生群体清晰的归为两大类。本研究得到的养殖群体和野生群体遗传多样性的信息，为虾夷扇贝种质保护及选择育种的遗传改良提供了重要数据。2．虾夷扇贝遗传连锁图谱的构建利用AFLP和SSR两种标记技术结合拟测交策略，初步构建了虾夷扇贝雌、雄性遗传连锁图谱。32对AFLP引物组合共得到413个1：1分离标记（209个来自母本，204个来自父本）。6个微卫星位点中，有4个在亲本中呈现多态性。其中2个位点为母本分离标记，其余2个位点为两亲本共有的分离标记。雌性图谱包括20个连锁群，图谱总长度为2198．8cM；雄性图谱包括21个连锁群，图谱总长度为2137．6cM。图谱中的AFLP标记分布较均匀，标记间平均间隔为14．7-15．6cM。母本和亲本的图谱覆盖率均为77．9％。本研究首次构建了虾夷扇贝的遗传图谱，为其基因组研究奠定了基础，同时也为虾夷扇贝高密度图谱的建立提供了基础框架。3．微卫星标记的遗传模式及其在家系鉴定中的应用本研究利用虾夷扇贝4个控制交尾家系，检测了7个微卫星标记在家系幼虫中的遗传模式，同时探讨了这些标记在虾夷扇贝家系鉴定中的可行性。研究表明，7个微卫星标记均符合孟德尔遗传定律。未发现有位点存在性别遗传选择性，各亲本的配子之间受精亦无明显选择性。2个位点在2个家系中存在无效等位基因，显示在应用微卫星标记进行群体遗传分析之前，进行遗传模式研究是非常必要的。虽然在计算遗传距离时无效等位基因被视为纯合子，但来自四个家系的子代在neighbor-joining软件中依然被准确识别。此结果证明，这些微卫星标记可以有效的应用于扇贝幼虫的亲子鉴定，故亦可以应用于调查虾夷扇贝养殖群体的有效亲本数量。4．虾夷扇贝线粒体的遗传模式到目前为止，双壳贝类线粒体遗传模式的研究主要集中在贻贝。本研究通过10组虾夷扇贝幼虫家系，应用DGGE方法对线粒体一段非编码区（NcR2）的遗传模式进行了探讨。研究结果显示，所有家系的幼虫后代仅检测到母本的单倍型，表明虾夷扇贝线粒体为母系遗传。5．基于线粒体全序列的扇贝科分子系统学研究后生动物线粒体通常包括37个基因。这些基因含有系统发生及进化的重要信息。本研究测得了栉孔扇贝和华贵栉孔扇贝的线粒体基因组全序列，并分析了其基因组成和基因组排列，以衡量两组基因组序列在系统分生分析中的价值。栉孔扇贝线粒体全长为21695bp，华贵栉孔扇贝为1 7693bp。栉孔扇贝和华贵栉孔扇贝都包含12个蛋白质编码基因，缺少Atp8基因。这些特征与已报道的其他双壳贝类的线粒体相同。在栉孔扇贝存在一段长非编码区序列。在GenBank已有的虾夷扇贝和海湾扇贝线粒体基因组序列的基础上，我们分析了四种扇贝的蛋白质基因排列顺序。结果表明四种扇贝蛋白质编码基因排列顺序很相似。通过对蛋白质编码基因序列分析，对四种扇贝建立了Neighbor-joining聚类分析树，结果表明华贵栉孔扇贝和虾夷扇贝的亲缘关系较近。