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泥蚶(Tegillarca granosa)，俗称血蚶、花蚶、粒蚶，为我国四大海水养殖贝类之一。泥蚶肉质鲜美、营养丰富、市场前景广阔。本文利用泥蚶454转录组文库(SRA052081)，分别开发了139个EST-SSR位点和78个EST-SNP位点，并利用多态SSR位点对泥蚶四个地理群体进行了遗传多样性分析。本研究为泥蚶的种质资源保护、遗传多样性分析、遗传连锁图谱的构建以及种群鉴定提供有力工具。1、泥蚶多态性EST-SSR标记的批量开发及重叠群和单拷贝序列序列开发SSR的差异分析转录组文库分为重叠群（contig）序列与单拷贝（singleton）序列，利用SSRHunter软件搜索这两种序列中2-6核酸重复序列且长度不小于12bp。singleton序列中检出132个SSR位点41对引物获得稳定清晰的条带，24对引物的扩增产物表现为多态性。在contig序列中筛选到246个候选位点，其中获得稳定扩增产物的有157个，其中115个表现为多态性。来源于singleton序列的24个多态性位点在泥蚶30个体中共获得84个等位基因，多态位点等位基因数介于2-5个，平均等位基因数为3.5个，PIC值介于0.043-0.696之间，平均值为0.391，观测杂合度、期望杂合度分别为0.000-0.591、0.045-0.727。24个多态位点中有11个高度多态位点（PIC＞0.5）、4个中度多态位点（0.25＜PIC＜0.5）、9个低度多态位点（PIC＜0.25）。各多态位点经哈迪-温伯格平衡检测，并用Bonferroni correction法进行校正，除Tg10、Tg11、Tg12、Tg17、Tg18、Tg21、Tg24之外，其余位点均显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P＜0.05）。同时来源于contig序列的115个多态位点共获得434个等位基因，多态位点的等位基因数为2-10个，平均等位基因数为3.78。观测杂合度、期望杂合度与PIC值范围分别介于0.000-1.000、0.040-0.799和0.038to0.825。其中29个位点为高度多态，42个为中度多态。38个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。2、基于转录组的78个泥蚶多态性EST-SNP标记的开发泥蚶EST序列拼接后获得23320个contig序列，利用QualitySNP software对contig序列进行SNP位点筛选，共获得19329个EST-SNP候选位点，其中转换类型有12401，颠换类型6928。依据引物设计原则，随机选取了275个候选SNP位点进行引物设计。其中147对引物在泥蚶中获得稳定扩增条带，在泥蚶群体验证分型中101对引物获得准确分型，78个位点为多态性位点，转换类型为54个，即A-G和T-C分别占23个、31个；颠换类型为24个即A-C、A-T、G-C和G-T分别占13、4、2和5个。观测杂合度为0.0000-0.9000，平均值为0.2982；期望杂合度为0.1997-0.5088，平均值为0.4411；最小等位基因为0.0167与0.5000之间。32个位点极显著偏离哈迪-温伯格平衡，11个位点为显著偏离平衡。3、东南沿海4个地理泥蚶群体的遗传变异分析共采用9个杂合度较高的SSR位点对四个不同地理的泥蚶进行群体分析。9对引物在4个群体的160个体中共得到了76个等位基因，平均等位基因数为8.44。每个位点得到的等位基因数介于3到12个。江苏与浙江群体的遗传分化程度微弱，广东与福建也分化微弱。其中分化程度最高的为浙江与福建，其Fst为0.0766。江苏与浙江的遗传距离最小为0.1151，广东与福建群体的遗传距离也是较小的为0.2563，其中遗传距离最远的为福建与浙江为0.5757。