碳菁类染料作为生物荧光探针,被广泛用于生物分子尤其是核酸的标定。它们具有很高的摩尔吸光系数,较低的荧光背景干扰等特点,荧光激发和发射波长跨越可见光至近红外光区,可适用于不同的激发光源。碳菁类染料是目前荧光探针中较新,也是研究比较活跃的一类。本论文以溴化苄模拟高分子氯球所带功能基相同结构的组份合成了噻唑橙类荧光染料,为采用树脂氯球的固相合成提供了参考。另外,采用两种不同的路线对噻唑橙类荧光染料进行修饰,合成了三种带不同取代基团的噻唑橙类荧光染料,讨论了它们的合成条件及影响因素。合成了一种带多次甲基的吲哚类荧光染料,研究了四种染料的紫外-可见光谱,讨论了引入取代基对噻唑橙类染料的光谱特性的影响,为噻唑橙类染料荧光探针分子的修饰提供参考。发现甲基的引入,其供电子效应增大了染料的大π共轭体系,使染料溶液的最大吸收波长产生10 nm的红移,而氯的引入对最大吸收波长没有影响。吲哚类染料Dye 4比噻唑橙类染料的最大吸收波长要长,其桥链结构中增加的次甲基具有重要意义。利用碳菁染料与核酸的标记特点,尝试对蛋白进行标记,研究了四种染料与蛋白结合后的紫外-可见及荧光光谱。在与蛋白结合后,最大吸收波长相对各自游离时有红移,荧光最大波长均达到了600 nm左右。