在族群和文化多样性显著的印尼,华人作为移民族群在其历史发展进程中历尽艰辛。自印尼独立以来,.在不同的历史时期,政府的华人政策因国际环境和国内形势的发展各有差异,呈现出波动性和阶段性的特点。在苏加诺时期,除了独立初期为了实现独立的政治目标而对华人群体进行保护之外,总体上,印尼对华人在经济上予以排斥,在政治上则进行初步的限制和管理,文化上在实施文化整合政策的同时也开始开展去中华文化的举措。但这一时期的华人政策是相对宽松的,华人特性得以在独立后继续维持,而华人因素对两国关系也比较敏感,两国国内的政治斗争都使得印尼华人卷入了政治漩涡之中,但总体而言,两国关系维持着良好局面。而苏哈托威权政府时期,基于强烈反共的国内政治导向和同化华人于本土社会的思想意识,加之政府极其怀疑华人的政治效忠,为了更好地实现国家整合目标,印尼在政治上严格限制华人族群的活动；但在经济上却实施更加灵活两面的政策,既积极利用和动员华人资本,又在国家大政上规定原住民优先；在文化领域则实施强制同化,严格限制华人展现自身的族群文化。苏哈托时期,经济发展是政府合法性的基础,正是基于此,统治后期为了吸引台湾资本,政府相对放松了对华人文化的限制。而这一时期的两国关系却长期被冻结,政府顾虑华人的政治立场,两国关系直到20世纪90年代才实现经济先行政治随后的恢复邦交。苏哈托倒台之后,印尼逐渐由威权政府向民主政府过渡,政治民主化下,少数族裔有了更多的发言权。在新的历史时期,各届政府基本上实施的是多元文化政策,在政治、经济和文化上对华人都更加宽容友善,尤其是政治和文化上华人享有更多的权利和自由,华人社会面临的发展机遇和挑战更加多样。新时期的两国关系越来越紧密,华人在两国关系中的角色也发生转变,政治色彩淡化,经贸和文化交流使者的角色更加突出。