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海洋蕴藏着非常丰富的微生物资源,由于海洋环境非常特殊,使得海洋微生物能够产生许多结构新颖的物质,这些物质具有特殊的活性。对海洋微生物资源的调查对今后开发微生物资源具有重要的指导意义。
对东海海域东经120°到123°,北纬28°到31°范围内共采集海水样品14个,海底沉积物样品10个。海底沉积物采样深度20m到260m,海水采样深度2m到5m。平板稀释法分离海洋微生物,实验表明培养基的组成和培养条件对海洋微生物的生长及活性物质的产生都有影响。14个海水样品中,共分离出1260株细菌;10个海洋沉积物样品中,共分离出1151株细菌,168株真菌。
根据菌落形态特征,将纯培养菌株归隶为19个编号(海水样品)和76个编号(海洋沉积物样品)。利用个体形态,结合生理生化实验和16S rRNA技术对95个编号的细菌进行进一步鉴定和系统发育分析,评估其多样性情况。16S rRNA系统发生学分析表明,海水样品中分离出来的细菌多数为嗜盐单孢菌属(Halomonas)的种类。海洋沉积物样品中分离出来的细菌种类多样性明显,它们分别属于芽孢杆菌属(Bacillus)(47株),盐单胞菌属(Halomonas)(5株),短杆菌属(Brevibacterium)(3株),希瓦氏菌属(Shewanella)(3株),假单胞菌属(Pseudomonas)(4株),泛生菌属(Pantoea)(1株),迪茨菌属(Dietzia)(1株),动性球菌属(Planococcus)(1株),海洋芽孢杆菌属(Marinibacillus)(2株),Sphingopyxis(1株),Salegentibacter(2株),玫瑰杆菌属(Roseobacter)(3株),Flexibacter(1株),Hoeflea(1株)。其中有47株是属于芽孢杆菌属,占鉴定菌株的62%,据此推测芽孢杆菌属为东海海域海洋沉积物中的优势属。而这47株芽孢杆菌属中又鉴定出14个种,可见东海沉积物中芽孢杆菌的的种类具有多样性和丰富性。
以枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、大肠杆菌(Escherichia coli)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginose)、产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes)、白色念珠菌(Candida albicans)作为指示菌,利用琼脂块法和牛津杯法对海水和海洋沉积物样品分离出的95株细菌菌株抗菌性质进行筛选。结果显示,有2株细菌具有明显抗金黄色葡萄球菌活性,1株细菌具有明显抗枯草芽孢杆菌活性。
本研究以非核糖体多肽酶系作为研究对象,以NRPSs A结构域保守序列设计简并引物,对分离出的细菌进行了NRPSs的筛选,希望能获得NRPSs基因片段,得到了3株能扩增出NPRS A结构域片段的海洋细菌,为今后开发海洋来源的非核糖体多肽类物质打下基础。