随着高性能嵌入式处理器的飞速发展，特别是ARM处理器系列的出现，嵌入式系统的功能也变得越来越强大。由于实时性强、稳定性好、可靠性高等突出优点，嵌入式技术已经在各个领域得到了广泛的应用。 目前，传统分析仪器正在不断向微型化、智能化、信息化、网络化等方向发展。对于内部控制复杂、要求实现多种功能、且需要拥有友好的图形用户界面的智能分析仪器，采用当前迅速发展的嵌入式系统技术是必然的选择。本论文主要进行了基于Windows CE.net的嵌入式系统在分析仪器中的应用研究。 首先，本文通过分析嵌入式系统开发平台这一项目的功能需求，从硬件和软件两方面阐述了嵌入式系统设计的总体设计方案，对ARM处理器S3C2410X和Windows CE.net操作系统的选用进行了分析说明。 基于windows CE.net系统的移植原理，本文实现了系统引导程序的开发和OAL启动过程的设计，完成了windows CE.net操作系统在ARM处理器S3C2410上的移植。 通过分析windows CE.net系统提供的本机驱动和流接口驱动这两种驱动模型的结构和特点，对Windows CE.net系统的中断处理过程进行了说明，本文实现了在Windows CE.net系统下对串口、LCD及IIC等驱动的开发，并利用集成开发工具Platform Builder 4.2定制了适于仪器的操作系统内核，导出了平台的SDK。 此外，本文还利用EVC进行了应用程序的开发。完成了串口通信类和图形控件类的设计，在windows CE.net系统下进行了串口通信测试界面的设计。将系统移植到分析仪器1901紫外可见分光光度中，进行了该仪器上的应用程序开发。测试结果表明该系统能正确地对该仪器进行控制。 最后，本文对所有研究内容及实验成果进行了总结，并提出了需要进一步改进和完善的地方。