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目的:双微体是基因扩增的重要载体,自发产生于癌细胞或诱导产生于化疗肿瘤细胞或耐药细胞系,主要含有癌基因和耐药基因。本研究旨在阐明双微体的序列特征和分子构成,为双微体的形成机制研究提供基础,并寻找新的与细胞耐药和基因组不稳定相关的靶基因。
方法:本研究首先采用array-CGH技术,阐明了MTX耐药NIH3T3细胞系中差异基因的全貌。对选定的差异基因,采用半定量PCR验证其扩增水平,并结合Real time RT-PCR、Westernblot检测其表达。随后整合分析array-CGH和表达谱茹片数据,探寻其功能。接着通过显微切割、DOP-PCR分离双微体,通过高通量454测序确定双微体的序列并分析其序列特征。
结果:MTX耐药NIH3T3细胞系中双微体的扩增子大约1.0Mb,来源于5A1(3613049~4042246)、10D2(116979442~117219043)和13 C3(92865378~93220196),包括11个完整基因和5个位于扩增子边界的截断基因。其中,Gatad1、Ankib1、Krit1、Mterf,Mdm2、Slc35e3、Msh3、Dhfr在MTX耐药NIH3T3细胞系中表达升高并与其扩增水平成正相关。序列分析发现,双微体的扩增子序列基因密度高,GC含量高,CpG岛密集,总体重复序列含量少,各种类型的重复序列构成和基因组相比有差异,并且在染色体上的定位临近脆性位点。重组包括染色体内的和染色体间的重组。重组方式主要是非同源连接,并有少量的同源连接。
结论:双微体的形成可能是一个多步骤、多事件的过程,可能与MTX对脆性位点的激活有关,与高基因密度、高GC含量、低重复序列含量和其构成相关。非同源末端重组机制可能是双微体产生过程中DNA双链断裂后修复的主要机制。Gatad1、Ankib1、Krit1、Mterf,Mdm2、Slc35e3、Msh3、Dhfr高表达可能与细胞耐药和基因组不稳定相关。