计算机模拟是研究光化学反应的一个有效手段，该方法可以在分子水平上观察化学反应，追踪分子运动过程。本文针对可用计算资源无法满足研究小组计算需求，而购买专用服务器价格昂贵的现状，对经济可用的模拟计算平台构建技术进行了研究，并采用基于Condor系统的PC机群技术实现了该模拟计算平台。　　 作者参与了基于经典分子动力学方法的生物分子质谱分析模拟程序的开发，发现在光化学反应模拟计算中，计算量随研究体系规模的增大而迅速增加。因此，本文首先针对中小规模计算体系，使用PC机构建了利用串行模拟程序实现模拟的Condor机群。这种机群服务器可以将多个计算负载均衡到各个节点。该系统各节点都使用双操作系统，根据负载情况，各台PC机可迅速转换角色。其次，针对规模较大的体系，本文通过对消息传递接口MPI(Message Passing Interface)的研究和分析，基于并行机群的架构思想，采用并行程序实现模拟计算，构造了Condor-MPI系统，大大降低了计算时间。该系统支持通信环的动态建立，一方面使Condor系统仍然具有动态扩展性；另一方面则有效避免了只能从某一节点启动并行计算导致的瓶颈问题。最后，本文根据目前主流并行计算采用的主从式软件开发范型，在主进程所在节点负载较重的情况下，将Condor系统所具有的负载分配性能应用于Condor-MPI系统，使其能够动态合理地选择并行计算的主进程节点，从而使计算负载得到进一步均衡优化。因此，该系统具有低成本、负载均衡、动态扩展、高资源利用率及很好灵活性的特点。　　 本文通过对机群技术的研究与探讨，结合实际项目，实现了一种面向不同规模计算体系的机群服务器解决方案。通过测试，表明该机群系统是一种高性价比、可用于多个领域的科学计算机群服务器。本文提出的方案，对价格有效性要求较高的科学计算平台设计，有实际参考意义。