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2005年至2006年间在大亚湾的大鹏澳和澳头海域分别设了三个采样点,采集了6个50～90cm的柱状沉积物,分层研究了生物硅（BSi）、总有机碳（TOC）、总氮（TN）和甲藻孢囊在沉积物中的垂直分布,以了解这些沉积要素对海水养殖、核电站和港区建设等人类活动的指示作用。大亚湾养殖区沉积物中BSi、甲藻孢囊丰度、TOC、TN以及陆源有机碳（TOC1）都随深度的上升而增大,可见人类活动使陆源营养物质输入不断增加,促进了海域富营养化。在大鹏澳贝类养殖区和鱼类养殖区,水生有机碳（TOCs）值随着深度的上升而缓慢减小,BSi/TOCs平均值在海水养殖（1980年左右,约为30 cm沉积段）前后却分别从0.50、0.83上升到0.85、1.05;在澳头海域养殖区,TOCs值则随深度的上升而增大,BSi/TOCs平均值在海水养殖前后由3.24快速下降至0.99。表明大鹏澳养殖区的初级生产力在减小的同时,其硅藻对总初级生产力的贡献却在上升,而澳头养殖区则刚好相反。核电站运行后,沉积物中BSi、TN、TOCs、甲藻孢囊丰度分别从0.62%、0.16%、0.63%、283 cysts/g D Wt上升到1.37%、0.21%、1.08%、1324 cysts/g DWt;而BSi/TOCs值却从0.84下降到0.53。显示核电站温排水可明显促进受纳水体初级生产力的增长,使硅藻对总初级生产力的贡献变小。相反,惠州港运行后,沉积物中BSi、TN、TOCs值分别从1.63%、0.41%、1.08%下降到1.13%、0.17%、0.26%,BSi/TOCs值从1.64升至3.54。说明惠州港运行降低了惠州港海域初级生产力水平,使硅藻对总初级生产力的贡献变大。近年来大亚湾海域孢囊数量呈加速上升趋势,并且在表层沉积物中,锥状斯氏藻孢囊占据绝对优势（最高达68%）。锥状斯氏藻的绝对优势表明大亚湾生态系统存在富营养化趋势,而澳头海域更为明显。大亚湾海域各站点均发现有毒亚历山大藻孢囊,最高值位于大鹏澳贝类养殖区6cm沉积物中,为269 cysts/g D Wt,表层沉积物中高密度亚历山大藻孢囊为其赤潮的发生提供了丰富的种源。因此,需加强监测和控制,以防止该海域水质进一步恶化以及有毒赤潮的发生。