滇金丝猴是唯一生活在高海拔雪线附近的非人灵长类动物,食用松萝等高纤维食物。独特的生活环境和饮食习惯使得其体内可能孕育着奇特的微生物资源和新颖的天然产物,这一宝藏待我们去发掘和利用。本论文工作以野生滇金丝猴肠道及其栖息地土壤菌群为研究对象,采用纯培养与免培养结合的方法,研究野生滇金丝猴肠道及其栖息地土壤菌群的细菌多样性和代谢产物抗菌活性,结合传统多相分类手段和基因组学分析确定潜在新分类单元的分类地位,并通过筛选多种类型功能基因预测菌株次级代谢产物合成潜力。采用纯培养方法分离鉴定滇金丝猴肠道菌412株,包括221株放线菌和191株细菌;放线菌分布在放线菌纲8个目14个科25个属,细菌分布在4个门7个纲10个目19个科30个属。从滇金丝猴栖息地土壤分离鉴定271株菌,包括226株放线菌和45株细菌;放线菌分布在放线菌纲的10个目14个科29个属,细菌分布在3个门5个纲9个目19个科22个属。共获得75个潜在新分类单元,其中放线菌潜在新分类单元41个,细菌潜在新分类单元34个,其中包括一个潜在新属。通过多相分类和基因组学分析,确定菌株WQ 117T是Faecalibacter的一个新种,命名为Faecalibacter rhinopitheci WQ 117T;确定菌株WQ 047T是Sphingobacterium的一个新种,命名为Sphingobacterium rhinopitheci WQ 047T。以上结果表明野生滇金丝猴肠道及其栖息地土壤中富含细菌和放线菌,蕴含着丰富的新种资源。对滇金丝猴粪便及栖息地土壤样品进行了宏基因组测序分析,从滇金丝猴粪便样品的细菌界有112个门77个纲,包括放线菌门6个纲21个目42个科115个属,其余细菌71个纲135个目302个科1172个属;土壤样品的细菌界有45个门56个纲,包括放线菌门4个纲15个目23个科47个属,其余细菌52个纲84个目150个科354个属。宏基因组鉴定出的细菌/放线菌的物种丰度和数量远大于纯培养,其中滇金丝猴肠道菌在种类和数量上都远远大于其栖息地土壤菌,表明肠道菌是发掘微生物菌种及其代谢产物资源的重要生境。菌群抗性基因分析显示,滇金丝猴粪便样品有123种抗性基因,土壤样品有11种抗性基因,滇金丝猴粪便样品中抗性基因种类多,但总体来说抗性基因的丰度小,土壤样品的抗性基因种类少,但是基因丰度大。结合其物种丰度数据,说明可能滇金丝猴肠道菌耐药性基因水平转移少,滇金丝猴肠道菌中拥有耐药性基因的菌株数量少,而其栖息地的菌株恰好相反。通过anti SMASH对滇金丝猴粪便样品宏基因组菌群合成次级代谢产物的潜力进行了分析,发现有6类40种次级代谢产物合成基因,NRPS和arylpolyene是滇金丝猴体内肠道微生物主要的两大类次级代谢产物,这说明滇金丝猴肠道微生物在次级代谢的挖掘上还是有潜力的。设计参与合成12类活性天然产物关键基因的特异性引物,通过PCR扩增的方法对其中285株肠道菌和267株土壤菌进行了筛选,以了解其合成这些天然产物的潜力。结果表明,肠道菌中有76.49%的菌株表现出阳性,而土壤菌中有89.51%的菌株表现出了阳性。对350株肠道菌和254株土壤菌发酵产物进行抗菌活性测试,结果表明肠道菌中有44%的菌株表现出阳性,而土壤菌中有38.58%的菌株表现出了阳性。根据功能基因和抗菌活性筛选,以及宏基因组预测,从粪便样品纯培养菌株中筛选了21株产活性天然产物的潜力菌株。功能基因筛选及抗菌活性实验表明野生滇金丝猴肠道菌群是不亚于其栖息地微生物群的活性天然产物宝藏。综上所述,本研究表明,野生滇金丝猴肠道及栖息地土壤中蕴含丰富的菌种资源,具有合成生物活性物质的巨大潜力,为滇金丝猴肠道菌的进一步挖掘提供了理论和数据支持。