【摘 要】
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蛋白质三级结构比对是生物信息学研究的热点问题之一。当前一些比较重要的蛋白质两两结构比对算法包括CE,DALI,SSAP, Geometric Hashing, MatAlign等。尽管在两两结构比对问
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蛋白质三级结构比对是生物信息学研究的热点问题之一。当前一些比较重要的蛋白质两两结构比对算法包括CE,DALI,SSAP, Geometric Hashing, MatAlign等。尽管在两两结构比对问题上已有很多算法,但是只有在多重结构比对方面提出的算法却为数不多。一个通用的方法是以两两结构比对为基础,构造多重比对算法。本课题将对现有的蛋白质两两结构比对方法进行收集和整理,分析和调试,研究其优缺点。在特定的蛋白质三级结构表示方法下,提出一种计算复杂性较低,比对长度较好的新算法SortMatAlign,MatAlign算法在比对结果上优于CE和DALI ,速度与CE相近,是DALI的2~3倍,而SortMatAlign和MatAlign相比,计算结果比较一致,速度是后者的18.276倍。同时,将SortMatAlign应用到蛋白质结构分类方面,将蛋白质在SCOP数据库的超家族层次进行分类,得到与DALI,CE, MatAlign相似的分类准确率的同时,分类速度得到了极大的提高。这在庞大数据量的蛋白质三级结构比对上有很大的现实意义。
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