近年来香港和新加披相继进行双重股权结构上市改革,引起了国内监管机构和市场的高度关注。同时,受国内政策对双重股权结构的上市限制,许多采用双重股权结构的创新型企业被迫赴海外上市,这不仅增加了企业融资成本,还降低了国内投资者对优质企业的投资机会;作为创新型企业主力军,不少“独角兽”企业采用双重股权结构,成为其在境内上市的绊脚石,增加了企业的融资难度。这些现象引起了监管机构对双重股权结构的深思。为解决创新型企业在境内的上市融资问题,2018年底,习近平总书记宣布在上交所成立科创板,2019年初,上海交易所正式允许创新型企业采用双重股权结构在科创板上市。但是由于双重股权结构下控制权和所有权的高度分离,市场上投资者仍对双重股权抱有诸多疑虑,担心陷入“被收割”的困境,投资意向并不高。在这样的背景下,思考创新型企业采用双重股权结构对于外部投资者利益保护的机制有重要意义。本文首先从创新型企业和传统企业在创始人才能、资金需求以及发展特征的差异入手,阐述了创新型企业采用双重股权结构的合理性,然后提出外部股东利益保护的核心和难点,基于股东异质性理论,阐述了双重股权结构下外部投资者利益保护的机制。然后通过对阿里巴巴集团的案例分析,验证了相关理论分析。最后通过构建外部投资者利益保护评价体系,采用简单统计对比了国内采用不同股权结构在美国上市的创新型企业在外部投资者利益保护方面的表现情况,发现双重股权结构的创新型企业在投资者利益保护方面并不弱于同股同权企业。现有文献在讨论双重股权结构下的代理问题时,大多基于代理理论得出较为笼统的结论,本文在对代理成本进行分类的基础上,对比双重股权的替代结构,分析了双重股权结构面临的代理问题,并从创始人动机角度提出了解决机制,细化了双重股权结构下代理成本问题的研究。本文结论有利于帮助投资者更加全面地思考创新型企业采用双重股权结构公司对外部投资者的安全性,有助于投资者甄别创新型企业的可投性,有助于推动股权制度的改革和发展。