反垄断执法通过职务行为侵犯商业秘密,与私权侵犯商业秘密的形式并不相同,因此,从规范公权力运行的角度保护商业秘密有着特殊性。商业秘密与反垄断法实施具有内在的冲突性,商业秘密制约反垄断法的实施,而反垄断法执法权限的大小、执法权的便捷性、隐蔽性以及知悉信息范围的广泛性和人数的多样性都会促使商业秘密泄漏。虽然商业秘密保护与反垄断法实施存有冲突,但是也具有关联性。这种关联性表现在：两者以维护竞争秩序和个人利益、平衡公权和私权为基本价值；商业秘密的秘密性、非排他性特征更容易遭受公权的侵犯。国外反垄断法实施中商业秘密保护积累了丰富的经验。从反垄断调查阶段到审查阶段,国外反垄断法一方面严格规范执法权的行使,另一方面赋予当事人商业秘密抗辩权,而且还严格规定侵犯商业秘密的法律责任和权利救济方式。我国反垄断法关于商业秘密保护无论是立法和执法,还是法律责任都存在缺陷,为了完善我国反垄断法实施中商业秘密保护制度,应从以下方面着手：建立统一的反垄断执行机构以及合理设置执法权,防止推卸责任和权力滥用；确立反垄断法实施中商业秘密抗辩权规则,赋予当事人抗辩权以及行使权利的例外；明确反垄断执法要求提供信息范围的度以及秘密信息的范围；完善法律责任追究和权利救济机制。