自《中华人民共和国专业合作社法》颁布实施以来,农民专业合作组织的发展越来越受到地方政府的重视。为适应市场经济的发展,以家庭为单位的分散生产已无法抵御市场竞争的冲击,农民自愿组成合作社,自我管理、自我约束、共担风险、共享成果。农民专业合作组织将农村分散的土地、人力、资金等资源整合,有利于调整农业生产结构,有利于促进农民增收,有利于实现农业现代化。但由于规模小、资金有限、缺乏高素质管理人才等限制因素,我国农民专业合作组织的发展尤其在成立阶段需要政府的扶持。作为地方政府特别是乡镇政府如何有效的在合作社运行过程中发挥职责,如何引导和规范合作社的健康发展,就成了急需解决的问题。本文通过对巴彦淖尔市联丰生态农牧专业合作社的成立、发展阶段中乡镇政府职责发挥必要性、存在的问题分析的基础上,借鉴国外政府扶持农民专业合作组织的方法,从合作社和政府两个角度分析提出政府如何适度有效的扶持农民专业合作组织的发展。