现阶段,我国的经济进入平稳发展的时期,但同时也面临着能源供给不足、以环境换取发展等问题。而发展清洁能源是解决以上问题的有效途径之一,利用秸秆等农林作物进行发电,也成为了能源供给结构调整的发展领域。然而,尽管秸秆发电有着环保、经济、节能等诸多优点,如今的发展水平却差强人意,其原因主要在于秸秆发电企业的成本压力过大,受传统能源产业的电价政策影响,无法以电价收入的方式弥补成本缺口,同时相关的补偿机制不健全,因而无法充分发挥秸秆发电的优势,秸秆发电企业的发展陷入了内外交困的境地,其发展受到了严重的制约。本文从成本理论和补偿理论两个角度入手,以传统成本理论为基础,大循环成本理论为指导,结合可持续发展理论和外部性原理,通过对秸秆发电企业的主要发电方式进行分析,结合秸秆发电方式存在的特殊性,找出了秸秆发电企业在生产运营过程中存在的成本因素;基于数据包络分析理论,根据前期的研究成果,建立起一套适用于秸秆发电企业的评价指标体系,以七个投入指标反映秸秆发电企业所存在的成本因素,结合所选取的CCR模型,以此对秸秆发电企业的投入-产出进行综合评价。实证研究以安徽HS秸秆发电企业为对象,依据所建立的指标体系,对调研得到的原始数据进行进一步的筛选整理,并运用DEA中CCR模型进行HS企业的投入—产出综合评价;根据评价结果进行进一步的分析,从而找出HS企业存在的未充分补偿的成本因素,由此来验证方法的适用性和科学性。并根据以上研究结论确定有效的补偿视角以及相应的补偿途径。通过对秸秆发电企业成本与补偿进行研究,从而找到有效途径缓解秸秆发电企业的成本压力,完善相关补偿机制,有助于推动秸秆发电方式的发展,充分发挥自身优势参与市场竞争,具有积极的意义;本文所采用的相关研究方法,也对类似新能源企业的成本及补偿问题研究提供了借鉴;对于优化国家能源结构、缓解能源压力具有一定的现实意义和研究价值。