藜麦（Chenopodium quinoa Willd.）是一年生的苋科藜属双子叶草本植物,起源于南美洲安第斯山脉,是当地重要的粮食来源,已有7500多年的种植历史。藜麦品种众多,能够耐受瘠薄、干旱、盐碱、霜冻等一系列非生物胁迫和病虫害等生物胁迫。藜麦营养价值极高,是FAO认定的唯一一种单体植物即可满足人体基本营养需求的食物。由于藜麦出色的营养、功能特性,近年来受到全世界的广泛关注。目前,在遗传研究中应用的DNA分子标记多种多样,已发展到第三代,例如:以分子杂交为核心的第一代分子标记,包括限制性片段长度多态性（RFLP,Restriction Fragment Length Polymorphism）、DNA指纹技术;以PCR为核心的第二代分子标记,包括随机扩增多态性（RAPD,Randomly Amplified Polymorphic DNA）、简单序列重复（SSR,Simple Sequence Repeats）、扩增片段长度多态性（AFLP,Amplified Fragment Length Polymorphism）、序列标签位点（STS,Sequence-tagged Site）;以及单核苷酸多态性（SNP,Single Nucleotide Polymorphisms）标记、表达序列标签（EST,Expressed Sequence Tags）标记等一些新型的分子标记。SSR分子标记作为第二代分子标记,具有操作简单、重复性好、多态性高和特异性强等优点,可直接检测DNA分子结构变异、反映研究材料本质差异,因而在遗传多样性分析、种质鉴定、DNA指纹图谱构建、基因定位和分子标记育种等研究领域得到广泛应用。本实验建立了藜麦的一套SSR分子标记,并利用这些分子标记对藜麦进行了遗传多样性分析,结果如下:1.根据已经发表的藜麦基因组序列,用MISA软件鉴定全基因组序列中的SSR位点,经分析得到113个位于基因序列中间的SSR位点,设计了113对SSR分子标记引物。2.对这些引物进行了实验条件优化,包括最适熔解温度（Tm值）筛选以及PAGE电泳条件的优化,得到了74个SSR分子标记用于以后的多态性分析。3.用74个SSR分子标记对95个不同品种藜麦的基因组DNA进行多态性分析,获得了69个有清晰条带且有多态性的分子标记。4.用筛选出的SSR分子标记对19个藜麦杂交组合的父母本进行多态性分析,并鉴定了71个F1代植株的纯杂合情况。通过鉴定,71个F1代植株中有50个杂合体,19个为母本带型,2个F1子代其父母本材料缺失,无法鉴定其纯杂合情况。5.选取一个F1杂合植株,对其自交产生的F2代植株进行了鉴定,其中一个条带符合3:1的分离比。这进一步证实本实验所设计的SSR分子标记是能明确辨别等位基因、检验纯杂合,而且与前人研究的藜麦大部分性状具有二倍体遗传规律相符,可用于以后的实验研究中。本课题建立了一套藜麦SSR分子标记体系,并对杂交F1、F2代植株进行分析鉴定,对后期藜麦杂交亲本选择、新品种选育和藜麦种质资源收集、分类、适应性选择及鉴定奠定基础。