在水上交通运输业呈现繁盛态势的同时，相关肇事案件发生的也愈发频繁，这其中按照我国现行刑法第一百三十三条的规定，有部分事故责任人以交通肇事罪认定被追究了刑事责任，但还有很大一部分人仅被追究民事或者行政责任，这不仅对受害方起不到安慰作用，也很难有效预防和惩戒水上交通事故的发生。虽然现行《刑法》关于交通肇事罪的规定可以适用于水上交通肇事行为，但无论是理论研究还是司法实践，交通肇事罪的重点始终被放在道路交通责任事故犯罪上。水上交通肇事犯罪与道路交通肇事犯罪虽然都属于交通肇事罪，但两者有明显不同的特性，而目前关于交通肇事罪定罪量刑标准的司法解释主要都还是根据道路交通肇事犯罪的特性设定，特别是审理交通肇事案件的重要依据——最高院《关于审理交通肇事刑事案件具体应用法律若干问题的解释》中，无论是关于入罪标准，还是关于处罚规定，都没有涉及水上交通运输专属领域的任何内容，对于水路交通运输领域中发生的交通肇事案件只具备参照性，面临着操作性不强的现实困难，突出表现在水上交通事故中最为常见的致落水者下落不明（失踪）的情形能否作为危害后果认定而追究刑事责任尚有争议，长期的法律空白使得司法实践中既有被追究刑事责任的判例，也有被不予起诉的情形，同罪不同罚，不确定裁判时有发生，司法稳定性遭受影响。相关法律法规的缺失导致了追究水上交通事故刑事责任法律适用上产生了分歧，对水上交通肇事行为如何准确定性，如何设定刑罚，如何合法又合理的定罪量刑，这些面临的现实问题都亟待完善和解决。基于水上交通运输明显不同于道路交通运输的特性，本文主张根据水上交通肇事的特点及法益保护的现实需要，参照已有处理铁路、航空交通责任事故犯罪的模式，在现行刑法中单设“水上交通肇事罪”，并对单设罪名的必要性及可行性进行合理分析，同时，以交通肇事罪的罪状及定罪量刑标准为研究基础，进一步解释水上交通肇事罪的内涵及优化设置行为定罪量刑标准，建议适当提高入罪标准，以防刑罚泛滥，并明确将“人员失踪”情形引入定罪量刑标准中，进行具体量化，以此完善我国有关水上交通事故的立法，为扫清现实障碍寻求解决之道，最终达到预防犯罪、减少社会危害的社会效果，促进和保障水上交通运输业的和谐稳定及发展。