蛋白质酪氨酸磷酸酯酶1B(PTP1B)是一种在胰岛素信号传导过程中起负向调节作用的酶，且被实验证实与二型糖尿病有关，因此作为二型糖尿病的潜在治疗药物，蛋白质酪氨酸磷酸酯酶1B(PTP1B)的抑制剂研究一直备受关注。本文利用计算机辅助药物设计方法(包括量子化学，分子对接，分子动力学等方法)，对中草药和小分子数据库(ZINC)进行了虚拟筛选，得到了一批可能的新型PTP1B抑制剂；同时对PTP1B的一种重要抑制剂(二齿类抑制剂)的抑制机理进行了理论计算，为开发PTP1B抑制剂提供了一些指导信息。　　 本论文主要有以下5章内容：　　 第一章对计算机辅助药物设计的定义，理论基础，常用方法等进行了简要介绍。　　 第二章对PTP1B酶及其家族同源酶的结构，作用机理等进行了简要介绍，同时对现有的抑制剂做了简要综述。　　 第三章利用虚拟筛选方法，对中草药数据库和小分子数据库进行了虚拟筛选，得到了一些潜在的活性分子。　　 第四章利用分子动力学方法，对PTP1B的几个二齿类抑制剂的选择性机理做了细致的研究，从结合自由能和残基的角度解释了此类抑制剂的选择性来源，以及可能的改进方法。　　 第五章对硕士期间工作的一些总结，不足及展望。