本文对来自中国西南部的四川、云南、贵州、重庆、西藏和甘肃南部的48个样点的东方蜜蜂进行系统性的采集，共采集3028群东方蜜蜂，利用31个微卫星分子标记和线粒体tRNAleu~COII片段序列分析了该地区东方蜜蜂的种群遗传分化、遗传多样性和历史动态，明确该地区的东方蜜蜂的遗传分化现状和遗传多样性水平，对中国西南部东方蜜蜂的历史进化事件进行推测，为东方蜜蜂的资源划分、保护和起源问题提供依据。
　　（1）综合主坐标分析、主成分判别分析、遗传分化系数、基因流、Structure分析、UPGMA聚类树和迁移率共7种遗传分化分析的结果，本研究在中国西南部共发现8个东方蜜蜂种群，分别为川西高原中的阿坝种群、雅砻江峡谷中的雅江种群、雅砻江峡谷中的九龙种群、金沙江峡谷中的巴塘种群、金沙江峡谷中的得荣种群、金沙江峡谷中的稻城种群、帕隆藏布江峡谷的波密种群和西部种群。
　　（2）在遗传分化机制上，本研究发现中国西南部高原峡谷的地貌环境能够造成了雅江、九龙、巴塘、得荣、稻城、波密共6个东方蜜蜂种群的遗传分化。高原峡谷两侧的高原草甸环境不适合东方蜜蜂营巢，导致东方蜜蜂只能分布于狭长的高原峡谷环境中，基因流的不畅和阻断造成了高原峡谷的东方蜜蜂形成独立的种群。
　　（3）川西高原的阿坝种群遗传分化是由海拔差异带来的生态因子差异造成。川西高原的阿坝与临近的四川盆地在年平均湿度、最干 燥月份湿度、最潮湿月份湿度、1月份平均气温上存在明显差异，川西高原和四川盆地东方蜜蜂各自适应高原、盆地的气候环境，其杂合后代适合度降低，导致基因流降低，最终产生遗传分化。
　　（4）本文通过分子标记明确阿坝种群目前分布在川西高原阿坝州的马尔康、壤塘、小金 3个样点，阿坝州的理县、九寨沟，四川甘孜州和甘肃南部岷县的东方蜜蜂在遗传结构上已经不属于阿坝种群。
　　（5）本文宏观性的明确了中国西南部东方蜜蜂的遗传多样性水平、系统性明确了8个种不同种群和具体所在的48个样点的遗传多样性的现状。中国西南部东方蜜蜂种群的期望杂合度介于0.2822~0.4394，观察杂合度介于0.2456~0.4251，等位基因数介于3.03~6.52，有效等位基因数介于1.7751~2.8546，香农指数介于0.5232~0.9419。
　　（6）阿坝种群、雅江种群、巴塘种群、得荣种群、稻城种群、九龙种群、西藏波密种群在线粒体单倍型组成和Network网络结构关系上相对独立，并与西部种群亲缘关系较近，说明以上种群可能是独立进化形成的，并均来源于西部种群。其中西藏波密种群是该地最早发生分化的东方蜜蜂种群。