生态示范区建设是我国为实现区域可持续发展的目标而采取的重大举措，生态经济学是其指导思想。由于生态示范区系统的复杂性和开展时间较短，缺乏深入的理论研究，尚未形成一套适合生态示范区复杂系统的理论即其完整的体系，规划编制中规划的各方面建设之间缺乏有机的联系，影响到生态示范区建设的成效。　　本研究是在生态示范区建设规划实践的基础上，对生态示范区建设的理论基础进行探索研究，提出了自组织理论作为生态示范区建设的理论基础。定义了基于可持续发展为目标的复合人工生态系统自组织系统的概念，分析了复合生态系统被组织状态下存在的问题及产生原因，提出了建立复合人工生态系统自组织系统的途径和手段:加强系统内部协同机制及从系统外部环境引入负熵，通过被组织手段促使自组织系统的形成，阐述了引入负熵使系统趋于有序的作用。将自组织理论应用于生态示范区建设，建立了生态示范区建设自组织系统的体系，包括结构框架和基于自然客观规律和市场规律的协调机制。并以此为指导，应用于淮安生态示范区建设规划，分析了淮安复合人工生态系统特点，找出了制约可持续发展的因素，作出了以生态产业、生态环境、生态文化子系统建设规划及系统间协调机制规划。本研究提出了自组织理论为生态示范区建设的理论基础，定义了复合人工生态系统自组织系统的概念，建立了生态示范区自组织系统框架体系，并对此作了实证分析，对生态示范区建设具有理论和实际的指导作用。