人类及酵母基因组功能区的核小体定位预测

来源 :内蒙古科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:parabird
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核小体是构成真核生物染色质的基本结构单位。核小体在基因组DNA序列上的精确定位称为核小体定位。核小体定位在DNA复制、修复和转录调控等细胞过程中起着重要的作用。核小体定位已成为目前表观遗传学研究的热点问题。文章包括以下3方面:1、隔离子是染色体上能够保护基因免受其外部增强子和非活性染色质结构影响的DNA序列。计算了隔离子区的GC含量,统计分析了隔离子起始位点与终止位点上下游1000bp范围内核小体的平均占据。结果显示,隔离子区序列的GC含量高,隔离子区域核小体的平均占据比两翼的核小体平均占据高,表明:序列中GC含量高DNA序列易发生弯曲和组蛋白八聚体形成致密的核小体,而隔离子区核小体占据率高有利于序列中两个转录功能域的隔离。2、启动子是启动基因转录的一段DNA序列,是RNA聚合酶的识别位点。启动子是基因转录必不可少的元件,而核小体的排布影响基因转录。启动子区缺乏核小体时,RNA聚合酶结合启动子转录才能得以进行。我们计算了酵母启动子上下游区域的核小体平均占据率,结果显示启动子上游存在明显的核小体缺乏,说明此区域可能是一些转录因子的结合位点。3、大肠杆菌是原核生物,染色质本身没有核小体,但能在体外形成核小体。本文统计分析了大肠杆菌体外核小体核心序列和连接序列中的k-mer频次,并与酵母和人类基因组中核小体核心序列与连接序列中偏好的k-mer频次进行了比较,结果表明大肠杆菌、酵母和人类核小体连接序列比核小体核心序列更为保守。
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