19世纪初,基督教(新教)作为外来宗教开始传入我国,历经波折于新中国成立后迎来新生,并在改革开放后开始了大规模传播。我国到底有多少基督教信徒?尽管各机构在统计数据上存在差异,但是基督教在我国快速发展的实事不可否认,已成为共识。面对日益壮大的基督教群体,政府应如何对之进行治理?如何引导宗教发展与社会主义建设事业相适应?这成为摆在各级政府面前新的课题与挑战。县乡两级基层政府是执政体系的末端,目前基层政府对基督教的治理处于繁复低效的状态,现行对基督教的治理不是“一元”的而是“多元”的,对不同性质的宗教组织、不同的宗教活动采用不同的治理手段,监管部门包括统战、宗教、民政、公安等,多个部门之间的关系错综复杂,形成了多元治理模式。然而基层基督教现实中也屡次发生各类乱象。我国现阶段的宗教治理水平,尤其是基层政府的治理模式还存在许多问题。对于为何会出现这么多缺陷、不足,各路学者各有见解,但共通之处在于,都认为政府对宗教事务管理干预过多。基层政府与教会组织之间相互沟通较少,相互不理解,政府担心教会“惹事”所以强加管理甚至乱管理,教会认为政府束缚过多抑制教会发展,双方的误解或矛盾逐步升级。本文以默顿功能分析学说为理论工具,详述了基层基督教的治理现状,深入分析了存在的漏洞和原因,力求探究出切实可行的改进路径。