论文部分内容阅读
近年来,随着我国社会经济文化的发展和人们生活水平的提高,健康及高品质的食品受到人们越来越多的关注。其中高档育肥牛肉就是一种备受青睐的高品质健康食品,人们对高档育肥牛肉的消费需求也在不断地增长。高档育肥牛肉指的是通过高能集中育肥饲养的肉牛分割肉,这种牛肉具有嫩度好、多汁性高、韧性低、弹性高、几乎没有咀嚼残渣等诸多优良特性。因此高档育肥牛肉具有非常高的经济价值。在实际生产过程中,高能集中育肥需要消耗大量的资源和能源,但是经过相同高能集中育肥的肉牛屠宰后得到的牛肉品质等级不一,品质越高的产量越少,顶级的产品只占极小的比例,造成了大量的人力物力的浪费,降低了企业竞争力。这就需要我们找到相应的应对措施来解决这些问题。目前我国所采用的高档育肥牛的分级标准主要是以肌内脂肪含量和分布也就是我们俗称的大理石花纹为基础来制定的。因此,如何提高肉牛的肌内脂肪含量和使其肌内脂肪分布均匀有序就成为了解决这一系列问题的核心关键。肌内脂肪含量的主要影响因素可大致分为两个方面。其一是饲养的营养条件和饲养环境等;其二是先天遗传因素。此前已有遗传育种方面和动物营养方面的专家学者对此作了许多研究。专家学者在对与肌内脂肪沉积相关的基因研究时大多采用逆向研究方法,即先通过分析已发表的基因,选出可能与其相关的候选基因,确定一个或几个基因再对其与肌内脂肪的关系进行深入研究,这样无疑会遗漏一些宝贵的生物信息。因此本研究通过基于高通量测序技术的生物信息学分析方法,以同期高能集中育肥的24月龄同品种杂交肉牛作为研究对象。对屠宰后得到的产品进行胴体分级,并通过检测其背最长肌肌内脂肪含量等生理指标将其分为高脂组和低脂组,分别对对样品进行组内混池,之后对两组混池样品分别进行全基因组重测序,得到了56Gb的高质量可靠数据,并与其肌内脂肪含量进行关联对比分析,在全基因组范围内检测了SNP,Indel,和SV,并在全基因组范围内进行与肌内脂肪含量沉积相关基因的筛选。经过对得到的序列片段的比对和与肌内脂肪含量的关联分析,最终得到25个基因。对这25个基因分别进行了COG注释,GO注释,Swisport注释,NR注释和KEGG注释,其中按照第二代功能分类体系GO分类系进行统注释所得到的信息最为完整,成功对这25个基因进行了注释。其中ADRA1A、AOX1及FAM5C与肌内脂肪沉积显著相关,CLEC4F、CTSG、FUT10、GPA33、GSTA3、GSTA5及GZMH与能量代谢显著相关,LOC100301297、LOC508626、LOC511626、LOC788554及LOC788573与嗅觉感受受体蛋白编码相关。这一研究提供了与肉牛肌内脂肪相关的重要遗传信息。为我国高档肉牛育种和选择合适的个体进行定向育肥提供了理论依据。