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我国是亚麻纤维加工和产品出口大国。由于国内亚麻品种单产低,亚麻纤维原料短缺,导致我国的麻纺产业近十年来严重依赖进口,提高亚麻品种的纤维产量成为亚麻育种的当务之急。本研究对来自38个国家和地区的535份亚麻种质的表型性状特征和遗传多样性进行分析,构建了包含182份亚麻种质的初级核心种质库,并对亚麻产量相关性状进行多重分析,确定构成亚麻纤维产量和种子产量的主要决定因子。同时利用亚麻基因组测序序列开发亚麻SSR分子标记,并利用SSR分子标记解析了亚麻核心种质的遗传多样性及群体结构；同时采用关联分析方法分析与产量相关性状显著关联的标记位点,为亚麻产量相关性状的基因定位、基因克隆和分子标记辅助育种等研究的开展奠定基础。主要结果如下：1.在亚麻基因组序列和EST序列中分别找到40435个和22665个SSR序列,SSR的分布频率分别为1/7.48kb,1/6.94kb,其中三、二、单核苷酸重复单元序列是主导类型。大多数类型的genomic-SSRs平均重复次数比EST-SSRs的高。通过对genomic-SSRs位点进行比对分析,获得25142个genomic-SSRs位点,建立了包含19939对亚麻候选SSR引物的数据库,并从145对候选引物中筛选出新的多态性丰富的SSR引物61对。对91对EST-SSR及102对genomic-SSR引物进行多态性分析,发现genomic-SSRs较EST-SSRs多态性更好,复合型SSR多态性最好,在完美型SSR中以二核苷酸和六核苷酸的SSR多态性较好。2.对亚麻产量相关性状进行多重分析表明亚麻种子产量的主要决定因子依次为分枝数、开花日数、分枝习性,而纤维产量的主要决定因子依次为出麻率、株高、干茎制成率。3.亚麻的数量性状较质量性状表现出更为丰富的遗传多样性。9个地理来源群体的亚麻种质表型性状的遗传多样性以中国最高。基于表型性状的PCA分析可以把亚麻分为纤用及油用亚麻两个基因库。基于表型性状数据挑选出亚麻初级核心种质182份。4.利用193对SSR引物在亚麻核心种质中扩增出222个SSR标记位点,共检测到735个等位基因,平均每位点3.31个,平均PIC值为0.283,Shannon’s指数平均值为0.5856。不同地理来源的亚麻种质的遗传多样性也以中国最高。基于SSR标记也可把亚麻分为纤用亚麻和油用亚麻两亚群,纤用亚麻是油用亚麻的一个子类群。5.亚麻群体存在一定程度LD,LD主要由重组引起。利用GLM和MLM模型所找到的与两年性状数据都存在关联的位点数分别为25个及10个,其中有3个SSR位点在两种模型中都表现出与两年的表型性状共同关联。等位变异效应分析共找到57个等位变异,其中起增效作用的有31个,起减效作用的有26个。