本文利用PCR和long-PCR及引物步引法直接测序,得到了荒漠沙蜥、草原沙蜥、变色沙蜥、旱地沙蜥、东疆沙蜥和青海沙蜥的线粒体基因组全序列,其基因组大小分别为:16892 bp、17041 bp、16429 bp、16249 bp、16455 bp、17212 bp。荒漠沙蜥和草原沙蜥的线粒体基因组由24个tRNA、2个rRNA和13个蛋白编码基因及四个控制区组成,变色沙蜥的线粒体基因组由23个tRNA、2个rRNA和13个蛋白编码基因及三个控制区组成,旱地沙蜥、东疆沙蜥和青海沙蜥的线粒体基因组由22个tRNA、2个rRNA和13个蛋白编码基因及两个控制区组成。基于13个蛋白编码基因的核苷酸序列,运用距离法(NJ)和最大似然法(ML)重建系统发育树,对8种中国沙蜥属物种的系统发育关系进行了进一步的探讨。研究结果表明:1、沙蜥属为一个单系;2、大耳沙蜥的系统进化地位位于最基部,是沙蜥属最早分化出的一支;3、叶城沙蜥虽属于沙蜥属卵生类群,但与卵胎生类群的进化关系比较近;4、从系统发育树的拓扑结构所呈现出来的进化关系来看,草原沙蜥、荒漠沙蜥和变色沙蜥三者的进化关系与其自身线粒体基因组控制区的结构组成存在关联,在一定程度上印证了三种之间的亲缘关系。