研究烷基化碱基与核酸碱基间氢键作用能够深入理解烷基化剂对核酸碱基间氢键作用的影响,为设计合成新型药物分子提供理论指导与帮助。本文使用密度泛函理论B3LYP/6-311+G(d,p)方法优化得到了O~6-烷基鸟嘌呤与腺嘌呤(A)、胞嘧啶(C)、尿嘧啶(U)、胸腺嘧啶(T)形成的132个氢键复合物的稳定结构,使用包含BSSE校正的MP2/aug-cc-p VTZ方法进行单点能计算得到各氢键复合物的结合能。研究工作主要可分为以下几个方面:1.探讨了6种顺、反式-O~6-烷基鸟嘌呤与腺嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶形成复合物的稳定性。研究结果表明:每种碱基均可以通过多个位点与顺、反式-O~6-烷基鸟嘌呤形成氢键复合物。当碱基分子的结合位点固定时,反式O~6-烷基鸟嘌呤与之形成的氢键作用最强。2.探究了四种碱基与6种反式-O~6烷基鸟嘌呤的最佳结合位点。结果表明:腺嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶分别最倾向使用A3、C2、T3、U3位点与之形成氢键复合物。3.进一步使用包含BSSE校正的MP2/aug-cc-p VTZ方法和PCM模型进行了水环境、蛋白环境下的单点能计算,分别得到水环境、蛋白环境中的132个氢键复合物的结合能。研究结果表明,水环境、蛋白环境对O~6-烷基鸟嘌呤与核酸碱基间形成氢键复合物的结合能有一定影响。相比较于气相结合能,水环境、蛋白环境中的结合能均降低。