酿酒酵母中DNA复制检验点中介蛋白Mrc1及其与DNA复合物的结构研究

来源 :中国科学技术大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:msbt098
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
物种要延续下去,保存遗传信息并将其完整无误地传递给后代是十分重要的。这一过程依赖于完整可靠的DNA复制过程。DNA复制过程如果变得不稳定或者失去控制,无法保证各类遗传信息的正确传递和表达,就会造成生物体的各种缺陷及包括癌症在内的各类疾病甚至死亡。生物体已经拥有了一套强大完整的DNA复制体系来完成遗传物质的传递。但是复杂的体系也会有失灵的风险,为了应对这些风险,生物体配置了对应的DNA复制检验点机制以及修复机制。复制检验点维持真核细胞的基因组稳定性。在每一个周期的基因组复制过程中,细胞不可避免地受到内源性或外源性复制应激的挑战,包括异常的DNA结构、DNA损伤、蛋白质阻碍、癌基因诱导的异常复制、dNTP或组蛋白供应不足、复制转录冲突等等。复制检验点又称S期检验点,它帮助细胞应对上述挑战,确保在整个基因组复制前进行正确的复制叉进程。
  除了复制基因组外,DNA复制叉还为许多在DNA复制检查点起作用的信号蛋白提供了一个组装平台。在酿酒酵母中,Mec1在DNA复制检验点通路中处于核心地位,它参与感知停滞的DNA复制叉,是哺乳动物细胞中ATR的同源蛋白。Ddc2(哺乳动物ATRIP同源蛋白)作为Mec1的调节亚单位,与Mec1形成蛋白质复合物。Mec1-Ddc2复合物通过复制蛋白A(RPA)包裹的单链DNA被招募到停滞的复制叉处。Hus1、Rad1和Rad9是复制检查点所需的另外三种蛋白质,它们形成的三聚体复合物与PCNA较为相似。这个三聚体在酿酒酵母中的同源物是Mec3-Radl-Ddc1。复制检查点的另一个必要因素是Rad17(酿酒酵母中为Rad24),它类似于一个RFC亚单位,并且与RFCs2-5结合形成复合物。有人提出,与PCNA和RFCsl-5类似,Rad24-RFC复合体将Mec3-Rad17-Ddc1复合体加载到DNA损坏或复制受阻的位置。一旦被加载,Mec3-Rad17-Ddc1复合物会激活Mec1。
  Mrc1(mediator of replication checkpoint)是DNA复制体的一个组成部分,在DNA合成过程中随复制叉沿着染色体移动。MRC1的缺失导致DNA复制缺陷,表明其在DNA复制的正常进展中的作用。同时,Mrc1也参与酿酒酵母和裂殖酵母细胞对羟基脲的反应。当DNA复制被羟基脲阻断时,Mrc1会经历Mec1和Rad3(Mec1的S.Pombe同源蛋白)依赖的磷酸化,Mrc1作为中介体,参与将复制应激信号从Mec1传递到Rad53效应激酶的过程。而在这个过程中,Rad24-RFC同样起着重要作用,可能参与调节Mrc1的磷酸化。有文献报道,磷酸化的Mrc1会将Mec1对Rad53的激活效率提高70倍左右。尽管人们对Mrc1在复制检查点中的作用进行过许多研究,然而,Mrc1的结构特征如何,与DNA有怎样的相互作用,与Rad24-RFC存在着怎样的相互作用且两者的相互作用受何种因素影响,这些问题都还没有任何信息。
  为了解决这一问题,我首先尝试在酿酒酵母S.cerevisiae中内源纯化Mrc1,通过酵母同源重组的方法改造基因组,在目的基因后加入TAPm标签,再通过亲和层析的方法获得Mrc1。但由于体内与Mrc1相互作用的蛋白很多,且Mrc1的本底表达水平较低,这种本底表达后内源纯化的策略很不适用。幸运的是,我们获得了来自中国农业大学楼慧强实验室的馈赠——pGEX-4T-3-Mrc1重组表达质粒,可以在大肠杆菌重组表达系统中较好地表达全长的Mrc1。此外,我又在大肠杆菌中重组表达了酿酒酵母截短的Mrc1,获得了质量较好的Mrc1(287-1096AA)。我们利用体外孵育,得到了Mrc1(287-1096AA)与5flapDNA的复合物。通过电镜三维重构的方法,我们解析了Mrc1的第一个负染电镜结构,了解到Mrc1是一个接近环状的中介体蛋白,它可以将DNA“握住”,作为复制体的一部分,沿着DNA滑动。
  另外,我们还重组表达了Mrc1(1-567AA),将其与5flapDNA进行了体外孵育,通过电镜分析发现,截短后的Mrc1,无论是Mrc1(287-1096AA)还是Mrc1(1-567AA),与DNA的亲和力都有明显提高,这可能是截短后Mrc1的DNA结合区域暴露出来的缘故。我们由此猜测,Mrc1的C端与N端之间存在一种别构调节,当C端与N端相互作用形成后,会别构抑制C端一侧的DBD与DNA的亲和力。
  DNA的正确顺利复制是保证遗传信息稳定性的关键步骤,复制体如何结合DNA,产生复制压力后复制体如何响应并传递信号到下游通路,这是一个极其重要的课题。本文的工作以中介体蛋白Mrc1为切入点,通过电镜分析,阐述了Mrc1作为复制体的一部分,它整体趋于环状中心有孔洞的结构特征、且通过中心孔洞与DNA的结合及它与clamploaderRad24-RFC的相互作用,更加丰富地认识了Mrc1在DNA复制及复制压力应激反应中所发挥的作用,丰富了人们对复制叉行进及复制检验点的认识。
其他文献
微生物肥料是由有益活体微生物制备而成的生物制剂,能改善植物生长条件,促进植物生长。为了制备微生物肥料,本实验室从上海郊区农作物的根际土壤中筛选到菌株JD37。研究发现该菌株能在玉米和番茄的根部定殖,并对玉米幼苗和番茄幼苗有促生作用,
虽然我国税收法律法规要求营业活动收取款项须开具发票,但该规定仅体现了开具发票属于行政法上的义务,并没有指出交易双方对发票享有的民事权利和负担的民事义务。实践中付款人经常会以货物销售人或服务提供人没有开具发票为由拒绝支付货款或服务款项——即主张付款抗辩权,法院(包括最高人民法院的不同判决)对此认定不一,且尚未形成共识,给司法实践带来障碍和困惑。  本文的逻辑思路是:通过最高人民法院近期所作的两个判决
随着人工智能技术的不断发展,以人工智能技术为依托的人工智能机器已经被大规模应用在生产、生活的各个领域,并由此导致了侵权责任、人格权、知识产权等领域内的一系列法律问题。在人工智能机器所引起的一系列法律问题中,尤以人工智能机器自动侵害他人权利的情形,即人工智能机器的特殊侵权责任问题最为直接和突出。由于我国法律目前尚未对人工智能机器侵权行为进行规定,学界也没有对人工智能机器侵权责任形成统一的意见,所以文
商誉作为企业众多资产中辨认难度最高的资产,其会计处理不仅困扰着实务界,也是理论界现行的一大难题,一旦企业实施外部并购,多数会产生商誉。近年来高额商誉的产生及其大幅度减值现象的发生都给企业经营造成严重负担,企业利益相关者的权益受到严峻损害,资本市场秩序也遭受到较大的影响。因此本文聚焦于准则现行商誉减值测试法中存在操作难度大、审计风险高、股市波动强等问题,探讨不同的商誉计量方法对公司财务绩效的影响,以
卖空交易作为成熟的金融市场上普遍被接受的交易方式已经成为国际证券市场重要的组成部分。其凭借自身特有的价格发现功能和风险规避功能为金融证券市场的活跃度、流动性以及信息发现提供价值。然而其自身却具有高风险并极易被市场操纵的违法交易行为(即“恶意卖空”)加以利用。这些消极效应往往会引发社会习惯性偏见,进而导致卖空机制缺乏使其充足发展的优质法律环境。我国证券市场长期处于单边交易市场模式之中,直至2006年
学位
当世界各国普遍采取劳动力和人口转移方式实现现代化,中国现代化则是通过农民工候鸟式的流动来实现。早在90年代中期就有学者详细地研究了农民工现象,为国家妥善解决农民工问题全面地提出了建设性意见。至今,农民工境遇还没有在多大程度上得到根本好转,并以更加严峻的形势延续到了新生代农民工身上。  在三十多年的经济体制改革不断深化的背景下,农民工仍只是依靠自身的单薄力量有限地进行自我调适。当人口基数庞大的农民集
研究背景及目的:  嗜吞噬细胞无形体(Anaplasma phagocytophilum,Ap)为革兰氏阴性的专性胞内寄生菌,其入侵人末梢血中性粒细胞导致人粒细胞无形体病。Ⅳ型分泌系统(TypeⅣsecretionsystem,T4SS)是重要的毒力因子,其通过向宿主细胞内转运多种效应分子,致使宿主细胞生理功能失调,导致疾病发生。本研究试图通过构ApT4SS效应分子易位报告系统鉴定新的效应分子,并
研究背景:肿瘤血管新生是肿瘤的一个基本特征,伴随着肿瘤的形成、发展与转移等过程。肿瘤血管为快速生长的肿瘤细胞提供营养物质,所以抑制血管生成曾被用于“饿死”癌细胞,但是,临床疗效并不理想。相反,通过诱导肿瘤血管正常化来促进其他抗癌药物发挥作用,得到越来越多的关注。最近的一些研究报道显示:免疫检查点抑制剂治疗能通过激活T淋巴细胞来诱导肿瘤血管正常化,而且,肿瘤血管正常化的程度与其疗效呈正相关。目前,对
正常细胞的代谢途径已然错综复杂,肿瘤细胞因其异质性,使其代谢方式更为复杂。代谢重编程是肿瘤细胞的一个显著特征。脂肪酸2-羟化酶(FA2H),可催化生成2-羟基脂肪酸,在神经髓鞘的形成,表皮细胞的通透性屏障功能以及脂肪细胞的脂肪生成过程中发挥着重要作用。已知FA2H亦在部分结肠癌细胞中高表达,但其在结肠癌发生发展中的调控作用却鲜见报道。因此,本论文借助基于TMT和SILAC标记的定量蛋白质组学技术系
学位
生命有机体的基因组DNA经常会受到内在或外在压力的影响,为了维持基因组的稳定性,细胞进化出了一系列响应DNA损伤的机制,ATM(对应酿酒酵母中的Tel1)则是DNA损伤响应中的关键激酶。当细胞内发生DNA双链断裂时,MRX/MRN(Mre11、Rad50、Xrs2/NBS1)复合物会结合到双链断裂处,进而招募并激活Tel1/ATM。Tel1/ATM一旦激活,会迅速磷酸化下游众多效应蛋白,如检验点激