采用聚合酶链式反应(PCR)技术对笛鲷属的14个习见种：画眉笛鲷(Lutjanusvitta)、金带笛鲷(Lutjanus vaigiensis)、马拉巴笛鲷(Lutjanus malabaricus)、金焰笛鲷(Lutianus fulviflamma)、千年笛鲷(Lutjanus sebae)、线纹笛鲷(Lutjanus linoeatus)、星点笛鲷(Lutjanus stellatus)、约氏笛鲷(Lutjanus johni)、勒氏笛鲷(Lutjanus russelli)、红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)、奥氏笛鲷(Lutjanus ophuysenii)、四带笛鲷(Lutianuskasmira)、紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)、孟加拉笛鲷(Lutjanus bengalensis)核基因组DNA中的RAG(recombination activating genes)基因的两个部分RAG1和RAG2的部分序列进行了扩增。PCR产物纯化后经T载体连接进行克隆、测序，序列结果对比拼接后提交GenBank并获得序列登录号。扩增得到的RAG1和RAG2部分序列片段长度分别为1464bp和545bp，对核酸编码序列和序列所编码氨基酸序列，选用牙鲆RAG基因全序列为外群，利用测得序列分别构建了分子系统树，并结合线粒体DNA三个区段，cytb，COI，COIl的全序列，从核DNA水平，蛋白质水平，线粒体DNA水平三个不同的角度，通过分子系统研究过程中一致和联合的原则，对14种笛鲷属鱼类进行了分子系统学分类。并通过鱼类外形特征对所的结果加以印证和分析。结果表明，综合分析所得到的分子进化树，与形态学分类系统能够较好的吻合。体色和体侧带型与分子进化树分支出现了较为明显的相关性，支持在14种笛鲷属鱼类的范围中，分为两个大的支系。同时，分析结果还支持马拉巴笛鲷与红鳍笛鲷以及四带笛鲷与孟加拉笛鲷共同存在于中国南海，均属于外部形态非常相似的两个亲缘关系很近的物种。同时支持画眉笛鲷和奥氏笛鲷的同源性最高，它们的遗传距离表明其分化水平还非常低。从分析过程中来看，不同区段的分子序列由于进化速率和进化水平不一致，造成构建的系统发生树结果不一致，应该将更多的区段引入研究，从整个基因组DNA水平来看待物种在进化过程中的分类地位。