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目的：通过观察应用PEGIFNα-2a和恩替卡韦治疗的HBeAg阳性的慢性乙型肝炎患者，在治疗12周、24周、48周HBsAg定量、HBeAg定量、HBVDNA、ALT水平及在48周时HBeAg血清学转换率、HBVDNA阴转率、ALT复常率，以及治疗过程中出现的不良反应，探讨PEGIFNα-2a和恩替卡韦的临床疗效及药物安全性。方法：病例均来自于2012年11月到2014年10月在吉林大学第二医院消化内科门诊及病房应用PEGIFNα-2a和恩替卡韦抗病毒治疗的HBeAg阳性慢性乙型病毒性肝炎患者。全部病例均符合2010年《慢性乙型肝炎防治指南》诊断标准，排除HAV、HCV、HDV、HIV等感染及合并酒精性肝病、非酒精性脂肪性肝病、药物性肝损害、自身免疫性肝病、肝硬化、肝恶性肿瘤等患者。将所有病例分为两组，其中PEGIFNα-2α组34人，恩替卡韦组31人，PEGIFNα-2a组，180ug皮下注射，每周1次；恩替卡韦组，0.5mg口服，每日1次。疗程均为48周，PEGIFNα-2a组有4人退出。观察治疗期间12周、24周、48周HBsAg定量、HBeAg定量、HBVDNA、ALT水平；48周时HBeAg血清学转换率、HBVDNA阴转率、ALT复常率及治疗期间的不良反应。结果：1、治疗的12周、24周、48周，PEGIFNα-2a组和恩替卡韦组HBeAg定量对比，差异有统计学意义（P＜0.05），且PEGIFNα-2a组下降较明显；12周、24周、48周HBsAg定量值对比，在12周时无统计学差异（P=0.10）,在24周、48周时，差异有统计学意义（P＜0.05），且PEGIFNα-2a组下降较明显。2.治疗48周时，PEGIFNα-2a组比恩替卡韦组有更高的HBeAg血清学转换率，两者对比，有统计学差异（P＜0.05）。3.治疗12周、24周、48周时，PEGIFNα-2a组和恩替卡韦组HBVDNA水平对比，差异有统计学意义（P＜0.05），且恩替卡韦组下降较明显。在48周时，恩替卡韦组有较高的HBVDNA阴转率，差异有统计学意义。4.治疗12周、24周、48周，PEGIFNα-2a组和恩替卡韦组ALT水平对比，差异均无统计学意义（P＞0.05）。结论：慢性乙型病毒性肝炎患者应用PEGIFNα-2a和恩替卡韦抗病毒治疗过程中，HBeAg定量检测可以比HBsAg定量检测更早期的用于判断两者疗效。在血清学应答方面PEGIFNα-2a优于恩替卡韦。而在病毒学应答方面，恩替卡韦优于PEGIFNα-2a，且具有更高的药物安全性。两组患者在生化学应答方面未见明显差异。