猪圆环病毒（Porcine circovirus,PCV）在世界各国广泛流行,对养猪业造成巨大的经济损失。近年来,PCV2和PCV3的感染率在我国呈逐年增加的趋势,并于2019年发现新的基因型PCV4。为了解PCV在湖南省内的流行情况,本研究对来自湖南省2017-2020年部分地区不同猪场的151份临床样品、2020年4月和12月湖南省各市州定点屠宰场的670份猪淋巴结样品进行PCV1～PCV4病原检测,并对部分阳性样品进行全基因组扩增、测序和比较分析。相关结果可为湖南省PCV的免疫防控、疫苗研究和实验室诊断技术的建立提供科学依据。本研究对收集的样品进行DNA提取,采用荧光PCR方法进行PCV1～PCV4病原检测。结果显示,在821份样品中,PCV的感染比率为88.06%（723/821）,4种基因型的感染率分别为81.49%（PCV2）、33.98%（PCV3）、8.04%（PCV1）和1.10%（PCV4）;混合感染情况较普遍,两种或三种PCV基因型混合感染的样品有278份,其中PCV2和PCV3混合感染最多,占82.01%（228/278）。对部分阳性样品进行全基因组扩增,获得5株PCV1、15株PCV2和7株PCV3的全基因组,3株PCV3的ORF2序列,但未扩增获得PCV4全基因组。经测序、同源性、遗传进化和ORF2氨基酸比较分析发现:PCV1全基因组同源性在98.1%～99.7%之间,ORF2序列同源性在97.6%～99.6%之间,5株PCV1分离株均属于同一分支,并显示出地理差异,国内PCV1分离株与国外分离株具有4个位点的明显差异;PCV2全基因组同源性在94.7%～99.9%之间,ORF2序列同源性在89.9%～99.7%之间,15株PCV2中有10株为PCV2d、3株PCV2b和2株PCV2a基因亚型,不同亚型的氨基酸差异较大,同一亚型之间无特殊突变;PCV3全基因组同源性在98.8%～99.7%之间,ORF2序列同源性在97.8%～99.8%之间,PCV3可分为三个分支,所有分离株的遗传关系均较近,氨基酸突变较少,较为稳定。本研究发现:湖南省PCV1～PCV4均有检出,其中PCV2最高,PCV3次之,PCV2和PCV3混合感染率较高;基因序列分析得出PCV2d是目前流行的优势亚型,PCV1～PCV3的ORF2氨基酸均突变较少,较为稳定。